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[37일차] 오픈소스 논문 리뷰 연습 03 :: Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA, bulk RNA sequencing, and network pharmacology 안녕하세요, 이번 글에서는 장내미생물이 패혈증에 미치는 causal effects에 대해 분석한 논문을 정리해보도록하겠습니다. Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cBackground Gut microbiota alterations have been implicated in sepsis and related infectious diseases, but the causal relationship and underlying mechanisms remain unclear. Methods We evaluated the .. 공감수 4 댓글수 1 2025. 3. 7.
[36일차] 챗GPT 딥리서치 정리 01 :: 2020년대 이후 단일세포 RNA 시퀀싱 분야의 최신 연구 동향 이번 글에서는 최근에 사용할 수 있게된 '챗GPT 딥리서치'를 활용해 파악한 scRNA-seq 최신 동향 내용을 정리해보고자 합니다. 말 그대로 챗GPT가 정리한 거라서 오류가 있을 수 있습니다! 챗GPT가 어떻게 답변했는지는 아래 링크에 담겨있습니다. 그대로 적으며 정리해볼 예정입니다. ChatGPT - scRNA-seq 최신 동향Shared via ChatGPTchatgpt.com 우선, " 2020년 이후부터 학계에서의 scRNA-seq 분야의 주요 최신 동향을 정리해줘"라고 물어봤는데요. 그랬더니 어떤 부분에 초점을 두고자 하는지 물어보더군요. 그래서 그냥 전체 분야에서 깊이 있는 정리 즉, 상세한 리뷰를 원한다고 했습니다. 기다리고 나니, 어떤 출처를 참고했는지와 함께 '202.. 공감수 2 댓글수 1 2025. 3. 6.
[35일차] 논문 결과 읽기 전, 초록 서론 정리 :: Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA, bulk RNA sequencing, and network pharmacology 안녕하세요, 이번 글에서는 새로운 논문을 본격적으로 정독해서 읽기 전에 서론 초록 먼저 간단하게 정리해보려고 합니다. 이번에 읽고 있는 논문 제목은 "Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA, bulk RNA sequencing, and network pharmacology"로 2024년 초에 저널 'Journal of Translational Medicine'에 실린 논문입니다. Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related dea.. 공감수 2 댓글수 0 2025. 2. 22.
[34일차] 뉴욕타임스 과학 기자가 쓴 면역학 책 리뷰, 우아한 방어 (우리 몸을 지키는 면역학의 놀라운 비밀) 안녕하세요, 이번 글에서는 최근에 재밌게 읽은 책인 '우아한 방어(An Elegant Defense)'를 가볍게 정리해보고자 합니다. 본 책의 저자는 '맷 릭텔'로 캘리포니아 대학교에서 저널리즘 석사 학위를 받은 후 뉴욕 타임스에서 과학기자로 일하며 면역 항암제와 같은 과학, 기술 분야에 다양한 기사를 써왔다고 합니다. Matt Richtel - The New York TimesMatt Richtel is a health and science reporter for The Times, based in Boulder, Colo.www.nytimes.com 저는 번역본을 읽었고 홍경탁 번역자 분께서 본 책을 번역해주셨습니다. 맷 릭텔이 집필한 '우아한 방어'라는 책은 면역학 상식들을 쉽고 재밌게.. 공감수 2 댓글수 1 2025. 2. 19.
[33일차] 오픈엑세스 논문 리뷰 연습 02 :: Single-cell analyses and host genetics highlight the role of innate immune cells in COVID-19 severity 안녕하세요, 오늘은 전 글처럼 최근에 공부 겸 읽어본 또 다른 오픈엑세스 논문을 간단하게 정리해보고자 합니다. [32일차] 오픈엑세스 논문 리뷰 연습 01 :: Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics revea이번 글에서는 최근에 관심있게 읽은 논문 한 편을 정리해보려고 합니다. 제목은 'Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19'로tkmstudy.tistory.com 최근에 전에 정리한 논문에서의 연구 프로세.. 공감수 4 댓글수 0 2025. 2. 18.
[32일차] 오픈엑세스 논문 리뷰 연습 01 :: Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19 이번 글에서는 최근에 관심있게 읽은 논문 한 편을 정리해보려고 합니다. 제목은 'Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19'로 2022년 Genome Medicine 저널에 퍼블리쉬된 오픈 엑세스 논문입니다. Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in sBackground Understanding the host.. 공감수 6 댓글수 0 2025. 1. 31.
[31일차] 생물학 전공자를 위한 오래된 유튜브 추천, z집사TV(ZipsaTV) 이번 글에서는 최근에 유익하게 보고 있는 유튜브를 잠깐 소개해드리려고 합니다. 바로 'z집사TV(ZipsaTV)'입니다! z집사TV (ZipsaTV)면역학 + 암생물학 + 신약개발 관련 영상이 비정기적으로 업로드 됩니다. 냐옹! 영상의 난이도: ⭐⭐⭐ 관련 전공 학부생 고학년 혹은 석박사 저학년 ⭐⭐ 관련 전공 학부생 및 생물학에 관심 많www.youtube.com 유튜브에 들어가면 이렇게 면역학 내용을 전공 수준에서 쉽고 재밌게 전달해주셔서 공부하기 좋은 듯 합니다. 이외에도 바이오 전공자를 위한 다양한 내용들이 유튜브에 있는 듯 한데 시간 될 때마다 하나씩 봐두어야 겠습니다. 요즘 대학원 준비 겸 이런 유튜브로 전공 지식 공부도 하면서 관련 논문들도 읽고 있는데요, 내용들을 비공개로 .. 공감수 12 댓글수 0 2025. 1. 28.
[30일차] 논문 간단 소개 :: 장내 미생물이 면역계, 그리고 궤양성 대장염(ulcerative colitis)에 미치는 영향 이번 글에서는 어제 읽은 논문인 'Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis(2024)'에서 흥미롭게 다가왔던 부분 몇 가지만 살짝 정리하고 가겠습니다. 특히 제가 졸업논문으로 장내미생물(GM) 관련 SNP 데이터로 장내미생물 사이의 상호 연관성을 분석하는 연구를 진행해본지라 더 흥미롭게 다가왔네요. 제 졸업논문에서는 알츠하이머병(AD) 유발과 연관된 장내미생물(AD risk GM)인 bactroides와 불면증(insomnia)에 positive casual ef.. 공감수 6 댓글수 2 2024. 12. 29.
[29일차] CellTypist :: scRNA-seq, cell-type annotation 자동화 툴 이번 글에선 최근에 개별세포분석 리뷰논문을 읽으면서 관련 툴들을 노션에 정리하다 찾게 된 흥미로운 툴인 CellTypist에 대해 소개해보겠습니다. 대학원 준비생의 노트 ( 24. 12 ~ ) | Notion'과학커뮤니케이터 TKM' TKM's STUDY BLOGsparkling-dibble-7ff.notion.site CellTypist는 자동화된 cell type annotation을 위한 open source tool로 다음과 같은 working group에 해당 모델을 개발했다고 합니다. 한국인 분도 계신 듯 하여 반갑네요. 아래는 CellTypist 플랫폼 링크입니다. Automated cell type annotation for scRNA-seq datasetsCellTypist .. 공감수 6 댓글수 4 2024. 12. 25.
[28일차] Azimuth, reference-base single-cell analysis를 위한 앱 제가 최근에 single cell 분석 관련 공부를 하고자 노션 홈페이지에 다가 공부하면서 찾은 관련 툴과 공부 자료들을 정리해 모아두고 있는데요. 대학원 준비생의 노트 ( 24. 12 ~ ) | Notion'과학커뮤니케이터 TKM' TKM's STUDY BLOGsparkling-dibble-7ff.notion.site 이번 글에서는 그중 흥미로웠던 앱 중 하나인 referenc-based single-cell analysis를 위한 앱인 Azimuth를 소개해보고자 합니다. AzimuthAzimuth: An app for reference-based single-cell analysisazimuth.hubmapconsortium.org "Azimuth is a web application .. 공감수 5 댓글수 2 2024. 12. 22.
[27일차] Git & Github 기초 공부 06 :: 깃허브 원격 저장소와 로컬 저장소 연결, remote + push & pull 이번 글에서도 저번 글에 이어 유노코딩 유튜브 학습 내용을 복습해보고자 합니다. 이번 주제는 '깃허브 원격 저장소'로 마지막 주제가 되겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 05 :: 브랜치 관리하기 :: 실험용 브랜치 생성, 병합, 제거까지이번 글에서는 저번 글에 이어 유노코딩 7강 브랜치 관리하기 강의 들은 내용을 복습해보도록 하겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 04 :: 스테이징 혹은 커밋 실수 대응 방법, git reset & retkmstudy.tistory.com 강의에서 설명하길, 깃허브(Github)란 깃 저장소 호스팅을 지원하는 웹 서비스로, 이렇게 온라인 상에 원격 저장소를 만들어 그래픽 인터페이스를 기반으로 관리할 수 있다고 합니.. 공감수 1 댓글수 2 2024. 12. 21.
[27일차] Git & Github 기초 공부 05 :: 브랜치 관리하기 :: 실험용 브랜치 생성, 병합, 제거까지 이번 글에서는 저번 글에 이어 유노코딩 7강 브랜치 관리하기 강의 들은 내용을 복습해보도록 하겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 04 :: 스테이징 혹은 커밋 실수 대응 방법, git reset & revert이번 글에서는 전에 이어 깃 관련 공부, 그 중에서도 실수 대응 방법을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 03 :: .gitignore로 특정 파일을 버전 관리에서 제외 하기이번 글에서는 전tkmstudy.tistory.com 우선 git의 branch가 무엇인지부터 알아보죠. 역시 챗GPT에게 물어봤습니다. 정리하자면, Git의 브랜치(branch)는 같은 프로젝트 내에서 독립적으로 작업할 수 있는 분리된 작업 영역으로, 기존 .. 공감수 2 댓글수 1 2024. 12. 21.
[27일차] Git & Github 기초 공부 04 :: 스테이징 혹은 커밋 실수 대응 방법, git reset & revert 이번 글에서는 전에 이어 깃 관련 공부, 그 중에서도 실수 대응 방법을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 03 :: .gitignore로 특정 파일을 버전 관리에서 제외 하기이번 글에서는 전 글에 이어서 유노코딩 YOUTUBE에서 공부한 git 관련 내용을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 02 :: 파일을 Working Directory에서 Staging Area, Repository까지 이동시키기전tkmstudy.tistory.com 먼저 실수로 git add 명령어를 입력해 working directory에서 staging area 보낸 파일의 경우, $ git reset으로 다시 working directory로 보낼 수 있습.. 공감수 1 댓글수 1 2024. 12. 21.
[27일차] Git & Github 기초 공부 03 :: .gitignore로 특정 파일을 버전 관리에서 제외 하기 이번 글에서는 전 글에 이어서 유노코딩 YOUTUBE에서 공부한 git 관련 내용을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 02 :: 파일을 Working Directory에서 Staging Area, Repository까지 이동시키기전 글에 이어서 유노코딩을 통해 공부한 Git 관련 내용을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 01 :: 유노코딩 YOUTUBE, 깃 설치부터 기본 깃 명령어 실습까지이번 글에서는 최근에 유노tkmstudy.tistory.com 이번 글에서 정리할 건 먼저 깃 설정 파일 '.gitignore'입니다. .gitignore는 언제 사용할까요? 챗GPT에게 물어봅시다. 챗GPT가 말하길, .gitignore 파일.. 공감수 1 댓글수 0 2024. 12. 21.
[27일차] Git & Github 기초 공부 02 :: 파일을 Working Directory에서 Staging Area, Repository까지 이동시키기 전 글에 이어서 유노코딩을 통해 공부한 Git 관련 내용을 복습해보겠습니다. [27일차] Git & Github 기초 공부 01 :: 유노코딩 YOUTUBE, 깃 설치부터 기본 깃 명령어 실습까지이번 글에서는 최근에 유노코딩 YOUTUBE "깃과 깃허브가 처음인 당신에게" 콘텐츠 총 8강을 다 들어서, 본 강의에서 배운 내용에 대해 복습을 해보고자 합니다. 챗GPT가 말하길, 깃(git)은 분산 tkmstudy.tistory.com 전에 만든 git_practice의 text1.txt 파일을 열어서 아무 말이나 적어봅시다. 파일을 수정하고 저장소에 보내지 않았으니, $ git status를 입력하면 "저장소로 보내야 할 즉, 커밋해야 할 수정한 기록이 있는 파일이 있다"라는 식의 말이 나올겁.. 공감수 0 댓글수 0 2024. 12. 21.
[27일차] Git & Github 기초 공부 01 :: 유노코딩 YOUTUBE, 깃 설치부터 기본 깃 명령어 실습까지 이번 글에서는 최근에 유노코딩 YOUTUBE "깃과 깃허브가 처음인 당신에게" 콘텐츠 총 8강을 다 들어서, 본 강의에서 배운 내용에 대해 복습을 해보고자 합니다. 챗GPT가 말하길, 깃(git)은 분산 버전 관리 시스템(DVCS, Distributed Version Control System)으로, 주로 소스 코드의 버전을 관리하고(코드의 이전 상태로 돌아갈 수 있음), 개발 협업을 돕기 위해 사용(여러 개발자가 같은 코드베이스에서 작업)된다고 합니다. Window 유저의 경우, 아래 사이트에서 Git을 다운 받으시면 되고, 맥OS 유저도 본 홈페이지를 둘러보다보면 Git 다운을 받을 수 있는 버튼이 있을 겁니다. Git - Downloading PackageDownload for Windo.. 공감수 3 댓글수 0 2024. 12. 21.
[27일차] KOBIC 단백체 분석 강의 1강 :: Introduction to Proteomics 이번 글에서는 KOBIC 교육강의 중 '단백질체 분석' 1편을 정리해보도록 하겠습니다. KOBIC 강의에 대한 소개는 아래 글을 참고하시면 되겠습니다. [19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수tkmstudy.tistory.com 본 강의는 총 8강으로 구성되어 있으며, 황대희 교수께서 강의를 해주셨습니다. 강의는 아래 KOBIC 사이트의 '단백체 분석'에 들어가셔서 보시면 되겠습니다. 차세대 생명정보 온라인 교육 | KOBIC 교육센터KOBIC 차세대 생명정보 교육은 바이오 데이.. 공감수 4 댓글수 2 2024. 12. 21.
[26일차] 따라 실습 :: Bioconducter, SingleCellExperiment 실습 :: 패키지 설치부터 UMAP까지 안녕하세요, 이제 기말고사와 기말과제도 끝이 나 종강을 한 만큼 대학원 준비를 이어서 해보고자 합니다. 대학원 준비생의 노트 ( 24. 12 ~ ) | Notion'과학커뮤니케이터 TKM' TKM's STUDY BLOGsparkling-dibble-7ff.notion.site 그런 일환으로 대표적인 single cell RNA-seq 실습 예제인 Bioconducter의 SingleCellExperiment 실습 예제를 따라해보고자 합니다. 실습에 있어서 전에 scRNA-seq 데이터 분석을 했던 Seurat과 동일하게 R package를 활용했습니다. [25일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 04 :: VlnPlot, BoxPlot, DotPlot, Cluster A.. 공감수 5 댓글수 2 2024. 12. 20.
[25일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 04 :: VlnPlot, BoxPlot, DotPlot, Cluster Annotiation 전 글에 이어서 이번에는 필터링하고 PCA 및 클러스터링한 PBMC 데이터를 가지고 또 다른 Plot들을 그려보도록 하겠습니다. 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활" data-og-host="tkmstudy.tistory.com" data-og-source-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-image="https://scrap.kakaocdn.net/dn/bbfyq6/hyXDkl1994/9tVso1GbjUaoB8k36RtjSK/img.png?width=800&height=639&face=0_0_800_639,https://s.. 공감수 4 댓글수 2 2024. 11. 26.
[24일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 03 :: R 환경 Seurat의 DimPlot, FeaturePlot 이번 글에선 저번 글에 이어 BRIC scRNA-seq data 분석법 괸련 글을 토대로 KOBIC 교육영상 예제 데이터를 분석해보는 연습을 해보겠습니다. Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-og-host="www.ibric.org" data-og-source-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=view&articleNo=8882549#!/list" data-og-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=.. 공감수 1 댓글수 0 2024. 11. 25.
[23일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 02 :: Normalization부터 UMAP까지 이번 글에서는 전 글에 이어 BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글을 따라해보도록 하겠습니다. [22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC)이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다. 이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전tkmstudy.tistory.com 앞서 pbmc 예제 데이터를 R 환경에 가져와서 필터링하였는데, 이번엔 해당 데이터에 대해 Normalization(정규화)을 해보겠습니다. pbmc 데이터 정규화 과정은 세포 간 비교가 가능하도.. 공감수 1 댓글수 0 2024. 11. 24.
[22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC) 이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다. 이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석' 영상에서 무료로 제공한 예시 데이터를 활용하였습니다. 참고로 예시 데이터는 10X GENOMICS에 있는 '10k Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from a Healthy Donor, Single Indexed'를 100,000줄만 가져왔다고 하며, 해당 세포는 single cell로 연구가 많이 되어 있어서 toy set으로 잘 활용되고 있다고 합니다. 10k Peripheral Blood Mononuclear Cells.. 공감수 4 댓글수 1 2024. 11. 23.
[22일차] 초보자를 위한 scRNA-seq data 분석법 글 추천, Edu labeling, Cre-loxp system 이번 글에서는 읽고 있는 논문의 배경지식을 몇 가지만 정리해보고자 합니다. 그전에 방금전에 아래 scRNA-seq data 분석법에 대해 하나하나 아주쉽게 알려주는 BRIC 글을 찾았습니다. [당신의 논문 동료] scRNA-seq data 분석법 - R 설치부터 Seurat까지 & Public scRNA-seq 분석 사이트 소개 |1. 들어가며 대학교 3학년 연구생 인턴을 하던 시절, 한창 DNA 클로닝을 배우고 있을 때 선배께서 “손을 잡고 가르쳐 주는...www.ibric.org Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-.. 공감수 5 댓글수 3 2024. 11. 23.
[22일차] 멘델의 정원, 생물정보학 기초, Fastq QC 강의 정리 안녕하세요, 이번 글에서는 멘델의 정원 유튜브 Fastq QC 관련 영상을 정리해보고자 합니다. 참고로 최근에 KOBIC 교육 영상인 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석'을 수강완료했습니다. 이게 보는 걸로 끝나는게 아니라 직접 해보면서 무엇인지 감을 잡아야 할 것 같은데, 본 강의에서 첨부파일로 예시를 제공해주셔서 직접 따라해볼 수 있어서 좋았습니다. 그렇지만 어느정도 따라 하다보니까 제가 윈도우 환경에서 R이랑 파이썬 언어만 사용해본지라 아직 익숙치 않은 리눅스 환경이랑 커맨드라인에 친숙해져야 할 것 같다는 느낌이 들었습니다. 사실 R이랑 파이썬도 살짝 까먹은 감이 있어서 최근에 제가 예전에 올려둔 블로그 글들 다시 보며 복습했습니다. [개요] 데이터 사이언티스트를 위한 데이터.. 공감수 4 댓글수 1 2024. 11. 23.
[21일차] KOBIC 교육강의 공부 04 :: 생물정보학의 미래 기술 이번 글에서는 KOBIC 교육강의 '생명정보학 시작하기'의 제4강을 정리해보고자 합니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이tkmstudy.tistory.com 4강의 주제는 '생물정보학 미래기술' 이었는데요, 인공지능, 자동화 및 컨테이너 시스템, 클라우드 컴퓨팅 순으로 소개해주셨습니다.1. 인공지능 (AI)인공지능(AI)은 거의 모든 분야에서 미래기술로서 적용이 되고 있지 않을까 싶습니다. 특히 현재 사회는 급속한 과학기술의 발전으로 생성할 수.. 공감수 34 댓글수 24 2024. 11. 17.
[20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식 이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이번 글에서는 전 강의에 이어 들은 '생명정보학 시작하기'의 두번째 강의인 '유전체 빅데이터' 강의 내용을 정리해보겠습니다. 이번 강의도 개괄적인 소개를 하는 강의라 가볍고 재밌게 들을tkmstudy.tistory.com 1. 데이터 양식 대표적인 생물정보학 데이터의 양식으로는 FASTA, FASTQ, SAM, VCF, BED가 있다고 합니다. 1-1. FASTA 먼저, 'FASTA'는 DNA 및 단백질 서열을 나타내는 가장 일반적인 형태의 데이터 양식으로, sequence 내용 전에 ID와 des.. 공감수 27 댓글수 21 2024. 11. 16.
[20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터 이번 글에서는 전 강의에 이어 들은 '생명정보학 시작하기'의 두번째 강의인 '유전체 빅데이터' 강의 내용을 정리해보겠습니다. 이번 강의도 개괄적인 소개를 하는 강의라 가볍고 재밌게 들을 수 있었습니다. [19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수tkmstudy.tistory.com 우선 '유전체 빅데이터'란 무엇인지 챗GPT에게 물어봤습니다. 요약하자면, 유전체 데이터는 "생물체의 '생물학적 특성'과 '질병 관련 정보'가 담긴 DNA의 총합인 '유전체(genome)' 정보를 대규모.. 공감수 4 댓글수 1 2024. 11. 16.
[19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄 이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수님께서 운영하시는 유튜브 채널인 '멘델의 정원' 영상을 보게 되었습니다. 위의 영상이 그 영상인데, 솔직히 조회수가 낮아서 별 기대 안하고 봤는데, 해당 영상 덕분에 생물정보학을 우리말로 설명해주는 무료 강의 사이트들이 정말 많다는 걸 알게 되었습니다. 대중성과는 거리가 멀어도 유튜브에 가끔가다보면 전문성으로 무장한 이렇게 유익한 영상들이 종종 있는 것 같습니다. 암튼 영상을 보시면 아시겠지만, 우리말로 생물정보학 교육을 하는 사이트 4곳을 소개해주는데요, 그것은 바로 KOBIC 교육센터, 한국제약바이오협회, 한국생명정보.. 공감수 24 댓글수 19 2024. 11. 15.
[19일차] 논문 배경 지식 :: 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포 안녕하세요 이번 글에서는 최근에 읽고 있는 논문의 배경 지식인 '지방 세포'에 관한 지식을 몇 가지 정리해보고자 합니다. 기존에 읽던 논문은 다 읽고 다시 정리도 해보면서 복습을 해봤는데요, 제대로 이해했는지는 잘 모르겠지만 그래도 다 읽고 정리했다는 점에서 뿌듯하긴 합니다. 정리한 부분은 노션에다가 비공개로 앞으로도 하나씩 정리해두고 있습니다. What is 지방세포(adipocyte)? 지방세포는 "지방 조직의 20~40%를 차지하며 에너지 저장, 내분비 기능 열 발생 등을 하는 세포 1)"입니다. 지방세포에 대해 배웠던 건 2학년 2학기 때 금나나 교수님의 교양 수업인 '건강한 식생활'을 들었을 때 였던 거 같은데, 지방세포가 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포로 분류되었던.. 공감수 22 댓글수 15 2024. 11. 15.
[18일차] 브릭 웨비나 정리2 : '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구' 18일차에서는 어제 본 브릭 웨비나 영상인 '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구'에 대해 정리해보는 시간을 가져보겠습니다. 참고로, 14일차 글에서도 Single Cell RNA-seq에 대한 브릭 웨비나 영상을 가볍게 정리한 적이 있는데, 관심이 있으시다면 참고 바랍니다. [14일차] 브릭 웨비나 정리, 정현우 막스플랑크연구소 종신연구원, Single Cell RNA-Seq Analysis이번 글에선 전 글에서 정리하긴 했지만, 생물정보학 관련 논문을 읽으면서 좀 더 알아야 할 것 같다고 느껴서 관련 자료를 찾다가 우연히 본 'Single Cell RNA-seq'와 관련된 웨비나 영상을 간단하게 tkmstudy.tistory.com 이번 웨비나에선 ILLUMINA 코리아, .. 공감수 10 댓글수 4 2024. 11. 3.

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