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식물 1일차 :: 식물의 진화와 생활사 (alternation of generations, HY5) 안녕하세요, 어쩌다보니 식물 연구를 하게 되어 식물을 이해해보는 시간을 가져보려고 합니다. What is Plant? "Botany. any member of the kingdom Plantae, comprising multicellular organisms that typically produce their own food from inorganic matter by the process of photosynthesis and that have more or less rigid cell walls containing cellulose, including vascular plants, mosses, liverworts, and hornworts 1)." 식물(Plant)이란 셀룰로스(Cellu.. 더보기
[챗GPT vs Gemini] 생명과학 기초 질문 01 :: 오토파지 과정에서 리소좀과 구분되는 '오토파고좀'의 역할 안녕하세요, 이번엔 지난 한 달 동안 생명과학 논문들을 읽으면서 궁금했던 생명과학 기초 질문과 그에 대한 답변들을 정리해보고자 합니다. 한 달 정도 해본 게 있는데요. 하루에 국내 연구진의 최신 논문 소개 글 하나(BRIC에 올라온 한빛사 인터뷰나 뉴스 등), 국외 연구진의 최신 논문 소개 글 하나(BioTechniques 혹은 RNA-seq Blog 등), 그리고 관심 가는 논문 하나 골라서 읽고 노션에 비공개로 정리해보았습니다. 물론, 제 시간과 역량은 유한하기에 항상 제대로 읽기는 어려웠지만 그래도 NoteBookLM과 같은 요즘 좋은 AI 툴이 제 이해를 도와주었습니다. 사실 논문 읽기를 제대로 하기 위해서는 아직 제 수준에선 하나하나 꼼꼼하게 읽는 게 우선일 수도 있을 듯 합니다. 우선 어.. 더보기
[57일차] MASC 모델을 활용한 세포 클러스터 구성 비율과 성별 간 연관성 분석 안녕하세요, 이번 글에서는 최근에 챗GPT를 활용해 진행해본 MASC 모델 활용 예제를 정리해보고자 합니다. 참고로 본 툴은 이전에 읽은 논문에서 활용된 툴로, 예제는 논문 데이터가 아닌 Seurat 튜토리얼에서 제공하는 간단한 PBMC 데이터로 가볍게 진행해보았습니다. [55일차] 오픈 엑세스 논문 정리 :: Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk안녕하세요, 이번 글에서는 오픈 엑세스 논문을 하나 정리해보고자 합니다. 논문 제목은 'Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gas.. 더보기
[56일차] 오픈 엑세스 논문 정리 2 :: 단일세포 eQTL 매핑을 통한 위암 위험과 연관된 세포 유형-특이적 유전자 규명 안녕하세요, 전 글에 이어서 'Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer' 논문 정리를 해보겠습니다. [55일차] 오픈 엑세스 논문 정리 :: Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk안녕하세요, 이번 글에서는 오픈 엑세스 논문을 하나 정리해보고자 합니다. 논문 제목은 'Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer'로, 저번 .. 더보기
[55일차] 오픈 엑세스 논문 정리 :: Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 안녕하세요, 이번 글에서는 오픈 엑세스 논문을 하나 정리해보고자 합니다. 논문 제목은 'Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer'로, 저번 달에 cell genomics 저널에 개재된 논문입니다. Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer - PMCSummary Most expression quantitative trait locus (eQTL) analyses have been conducted in heterogeneous .. 더보기
[54일차] single cell RNA-seq을 활용한 장내미생물과 숙주 면역계 간 상호작용 분석 동향 안녕하세요, 이번 글에서는 단일세포 RNA 시퀀싱(single cell RNA-seq)을 활용해 장내 미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용 분석을 진행한 사례들과 본 상호작용 분석을 위해 개발된 몇 가지 주요 툴들을 간단히 소개하고자 합니다. 참고로, 이전 글에서는 '장내 미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용'에 대한 배경 설명, 그리고 장내 미생물과 여러 질병들 간의 관계들을 다루어보았습니다. [48일차] 개요, 장내 미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용에 대하여 (+ 항생제의 위험성)안녕하세요, 오늘은 장내미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용 양상 및 분석 툴에 대해 다룬 자료 및 논문들의 내용을 정리해보고자 하는데요. 내용이 길어질 것 같아 몇 가지 주제로 나눠 시리tkmstudy.tistory... 더보기
인코렌탈(incoRENTAL) 서비스로 CLC Genomics Workbench Premium의 Single Cell Module 일주일 간 활용해본 후기 안녕하세요, 이번 글에서는 인실리코젠(insilicogen)에서 운영하는 생물정보분석 단기 렌탈 서비스인 '인코렌탈(incoRENTAL)'에 대해 여러분께 소개해보고자 합니다. - 본 글은 일정 수수료를 받고 일주일 간 인코렌탈 서비스를 체험하며 작성한 솔직 후기임을 밝힙니다 - 인코렌탈은 NGS 분석을 위해 여러 솔루션을 활용해야 할 때, 그러면서도 장기간 이용할 필요는 없어 단기간 동안만 이용하고자 할 때 유용한 서비스입니다. 인코렌탈 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업요청하신 시험판 관련 문의는 정상 접수되었습니다. 연동된 계정으로 영업일 기준 2~3일 내 답변해드리도록 하겠습니다.insilicogen.com 저는 인코렌탈이 제공해주는 솔루션 중 두번째 솔루션인 'CLC Genomics W.. 더보기
[53일차] 뇌질환과 장내미생물 : 알츠하이머병, SCRD, MGBA (microbiota-gut-brain axis) 안녕하세요, 이번엔 '질환과 장내미생물' 시리즈 중 마지막 질환으로 뇌질환을 다뤄보도록 하겠습니다. 참고로 이전 글에선 '자가면역질환과 장내미생물'에 대해 다뤘었죠. [52일차] 자가면역질환과 장내미생물 : 자가면역 발생 원인, Prevotella histicola, 류마티스 관절염이번 글에서도 질병과 장내미생물 간의 관계에 대한 정리를 해보도록 하겠습니다. 지금까지 저는 당뇨병, 감염 및 염증성 질환, 암과 장내미생물 간의 관계에 대해 다루어보았습니다. [51일차]tkmstudy.tistory.com 우선 항상 그랬듯이 '뇌 질환'은 어떤 질환이며, 뇌 질환은 왜 발생하게 되는지 살펴보도록 하겠습니다. 먼저 '뇌'에 대해서 잠깐 설명해보겠습니다. 우리는 '뇌'를 하나씩 갖고 있죠? 뇌는 '생각.. 더보기

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