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생물정보학(바이오인포매틱스)

[49일차] 당뇨병(diabetes mellitus)과 장내미생물 : 제1형 당뇨병, 제2형 당뇨병 안녕하세요, 이번 글에선 저번 글에 이어 '질병과 장내미생물'에 대한 내용을 정리해보고자 합니다.  [48일차] 개요, 장내 미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용에 대하여 (+ 항생제의 위험성)안녕하세요, 오늘은 장내미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용 양상 및 분석 툴에 대해 다룬 자료 및 논문들의 내용을 정리해보고자 하는데요. 내용이 길어질 것 같아 몇 가지 주제로 나눠 시리tkmstudy.tistory.com    전 글에서 말했듯 장내 미생물들은  장 환경에서 장의 점막층, 상피세포, 면역세포 등과 역동적인 상호작용을 하고 있습니다. 그만큼 장내 미생물의 불균형 상태에 이르게 되면 당뇨병, 감염 및 염증성 질환, 암, 자가면역질환, 만성신장질환, 뇌질환 등 각종 다양한 몸의 기능 문제를 발생시킬 수 .. 더보기
[48일차] 개요, 장내 미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용에 대하여 (+ 항생제의 위험성) 안녕하세요, 오늘은 장내미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용 양상 및 분석 툴에 대해 다룬 자료 및 논문들의 내용을 정리해보고자 하는데요. 내용이 길어질 것 같아 몇 가지 주제로 나눠 시리즈로 작성해보고자 합니다.  논문을 주로 참고하긴 했지만 장내미생물과 숙주 면역계 간의 상호작용은 굉장히 복잡하고 아직 명확히 밝혀지지 않은 부분이 많은 듯 합니다. 그만큼 관련 내용을 이해함에 있어 제 배경지식과 경험의 한계가 있기에 오류가 많이 있을 수 있다는 점 양해 부탁드립니다. 다음과 같은 순서로 정리해보고자 합니다.  1. 개요, 장내 미생물와 숙주 면역계 간의 상호작용에 대하여 (+ 항생제의 위험성) 2. 질병과 장내미생물 : 당뇨병, 감염 및 염증성 질환, 암, 자가면역질환, 만성신장질환, 뇌질환 3.  장.. 더보기
[47일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-2 :: 인생의 전경, 16S rRNA 시퀀싱 안녕하세요, 오늘은 저번 글에 이어 '생물정보학 입문 책' 챕터 3 나머지 부분을 정리해보도록 하겠습니다. 전 글에서 말했듯 '수평적 유전자 전달'에 대한 내용부터 시작하겠습니다.   [46일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-1 :: 인생의 전경, DNA와 RNA, 그리고 단백질의 이야기안녕하세요, 이번 글에서는 '생물정보학 입문' 책의 두번째 챕터에 이어 세번째 챕터를 정리해보고자 합니다. 세번째 챕터는 이전 챕터보다 굉장히 길더군요.    [43일차] 생물정보학 입문 책tkmstudy.tistory.com  일반적으로, 수평적 유전자 전달은 복제 또는 교배 중에 부모로부터의 후손이 아닌 다른 수단을 통해서, 실험실 절차가 아닌 자연적인 방법을 통해서, 한 유기체가 다른 유기체로부터 유전물질을 .. 더보기
[46일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-1 :: 인생의 전경, DNA와 RNA, 그리고 단백질의 이야기 안녕하세요, 이번 글에서는 '생물정보학 입문' 책의 두번째 챕터에 이어 세번째 챕터를 정리해보고자 합니다. 세번째 챕터는 이전 챕터보다 굉장히 길더군요.    [43일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.02 :: 유전학에서 게놈까지안녕하세요, 이번 글에선 저번 챕터 1에 이어 '생물정보학 입문' 책 챕터 2를 정리해보고자 합니다.  [41일차] 생물정보학 입문 책 정리 Ch. 01 :: 서론안녕하세요 이번 글에선 최근에 공부하고 있tkmstudy.tistory.com  우리 몸은 다양한 기능을 하는 세포들의 상호작용으로 어쩌다 보니 '생존'이 가능하게 된 복잡한 시스템입니다. 그러한 몸 안에서 각 세포들은 'DNA'라는 유전 정보로부터 다양한 단백질들을 만들어내고, 그렇게 만들어진 단백질들의 활동은 조화.. 더보기
[45일차] single cell RNA sequencing 기술 프로세스 정리 02 :: 시퀀싱 데이터 전처리 및 다운스트림 분석 안녕하세요, 이번 글에서는 저번 글에 이어 단일세포 전사체 분석 기술의 프로세스를 정리해보도록 하겠습니다.   [44일차] 단일세포 전사체 분석 기술 개요 및 프로세스 정리 01 :: sequencing library 준비 및 구축, illum안녕하세요, 이번엔 단일세포 전사체 분석 기술(single cell RNA-seq analysis)의 전반적인 개요와 고려사항들을 정리해보는 시간을 가져보고자 합니다. 공부 겸 정리하는 건지라 오류가 있을 수 있다는tkmstudy.tistory.com  저번엔 데이터 분석을 위한 준비 절차였다면, 이번엔 본격적으로 데이터를 전처리하고 분석하는 절차로 보면 되겠습니다. 참고자료는 뒷부분에 적어두었으며, 딥리서치와 논문 'The Workflow for Computati.. 더보기
[44일차] 단일세포 전사체 분석 기술 개요 및 프로세스 정리 01 :: sequencing library 준비 및 구축, illumina sequencing 안녕하세요, 이번엔 단일세포 전사체 분석 기술(single cell RNA-seq analysis)의 전반적인 개요와 고려사항들을 정리해보는 시간을 가져보고자 합니다. 공부 겸 정리하는 건지라 오류가 있을 수 있다는 점 양해부탁드립니다.    우선 '단일세포 전사체 기술(scRNA-seq)'이 무엇인지 간단히 소개하겠습니다. scRNA-seq이란, 조건별(ex. disease, chemical treatment, genetic modification)로 등장하는 세포의 구성 및 기능 차이를 개별세포수준에서 파악할 수 있는 기술이라고 볼 수 있겠습니다. 본 기술을 통해 저희는 특정 질병의 중증도를 높이는데 어떤 기능(ex. 경로)을 담당하는 세포 유형(혹은 아형)이 관여하는지 예측할 수도 있고, 특정 조직.. 더보기
[43일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.02 :: 유전학에서 게놈까지 안녕하세요, 이번 글에선 저번 챕터 1에 이어 '생물정보학 입문' 책 챕터 2를 정리해보고자 합니다.  [41일차] 생물정보학 입문 책 정리 Ch. 01 :: 서론안녕하세요 이번 글에선 최근에 공부하고 있는 '생물정보학 입문 제 2판' 책 첫 챕터를 정리해보고자 합니다. 본 내용에는 오류가 있을 가능성이 있으며, 자세하고 정확한 내용은 본 책 1)을 참고tkmstudy.tistory.com  과학의 발전으로 우리는 우리의 형질을 결정하는 유전자가 염색체에 존재하고, 각 유전자가 DNA 서열에 해당한다는 것을 알게 되었습니다. 결국 우리가 우리와 같은 외모를 갖게 되고, 특정 질병에 취약하게 되고, 그럼에도 생존해 나갈 수 있는 건 바로 우리 몸 안에 소중하게 보관된 DNA가 우리의 형질을 결정하기 때문일.. 더보기
[42일차] 논문 리뷰 연습 04 :: PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment 안녕하세요, 이번엔 2023년 말에 전공수업에서 공부하고 리뷰 발표했던 논문을 다시 한번 정리해보려고 합니다.   논문 제목은 'PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment'로, 2020년에 개재된 논문이었습니다.   PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment - PMCAbstract Background and Aims Pyruvate kinase M2 (PKM2) is an essential regulator of the Warburg effect, .. 더보기

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