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생물정보학(바이오인포매틱스)

[22일차] 멘델의 정원, 생물정보학 기초, Fastq QC 강의 정리 안녕하세요, 이번 글에서는 멘델의 정원 유튜브 Fastq QC 관련 영상을 정리해보고자 합니다.   참고로 최근에 KOBIC 교육 영상인 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석'을 수강완료했습니다.  이게 보는 걸로 끝나는게 아니라 직접 해보면서 무엇인지 감을 잡아야 할 것 같은데, 본 강의에서 첨부파일로 예시를 제공해주셔서 직접 따라해볼 수 있어서 좋았습니다. 그렇지만 어느정도 따라 하다보니까 제가 윈도우 환경에서 R이랑 파이썬 언어만 사용해본지라 아직 익숙치 않은 리눅스 환경이랑 커맨드라인에 친숙해져야 할 것 같다는 느낌이 들었습니다. 사실 R이랑 파이썬도 살짝 까먹은 감이 있어서 최근에 제가 예전에 올려둔 블로그 글들 다시 보며 복습했습니다.  [개요] 데이터 사이언티스트를 위한 데이터.. 더보기
[21일차] KOBIC 교육강의 공부 04 :: 생물정보학의 미래 기술 이번 글에서는 KOBIC 교육강의 '생명정보학 시작하기'의 제4강을 정리해보고자 합니다.  [20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다.  [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이tkmstudy.tistory.com 4강의 주제는 '생물정보학 미래기술' 이었는데요, 인공지능, 자동화 및 컨테이너 시스템, 클라우드 컴퓨팅 순으로 소개해주셨습니다.1. 인공지능 (AI)인공지능(AI)은 거의 모든 분야에서 미래기술로서 적용이 되고 있지 않을까 싶습니다. 특히 현재 사회는 급속한 과학기술의 발전으로 생성할 수.. 더보기
[20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식 이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다.  [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이번 글에서는 전 강의에 이어 들은 '생명정보학 시작하기'의 두번째 강의인 '유전체 빅데이터' 강의 내용을 정리해보겠습니다. 이번 강의도 개괄적인 소개를 하는 강의라 가볍고 재밌게 들을tkmstudy.tistory.com 1. 데이터 양식 대표적인 생물정보학 데이터의 양식으로는 FASTA, FASTQ, SAM, VCF, BED가 있다고 합니다. 1-1. FASTA 먼저, 'FASTA'는 DNA 및 단백질 서열을 나타내는 가장 일반적인 형태의 데이터 양식으로, sequence 내용 전에 ID와 des.. 더보기
[20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터 이번 글에서는 전 강의에 이어 들은 '생명정보학 시작하기'의 두번째 강의인 '유전체 빅데이터' 강의 내용을 정리해보겠습니다. 이번 강의도 개괄적인 소개를 하는 강의라 가볍고 재밌게 들을 수 있었습니다.   [19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수tkmstudy.tistory.com  우선 '유전체 빅데이터'란 무엇인지 챗GPT에게 물어봤습니다.   요약하자면, 유전체 데이터는 "생물체의 '생물학적 특성'과 '질병 관련 정보'가 담긴 DNA의 총합인 '유전체(genome)' 정보를 대규모.. 더보기
[19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄 이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수님께서 운영하시는 유튜브 채널인 '멘델의 정원' 영상을 보게 되었습니다.     위의 영상이 그 영상인데, 솔직히 조회수가 낮아서 별 기대 안하고 봤는데, 해당 영상 덕분에 생물정보학을 우리말로 설명해주는 무료 강의 사이트들이 정말 많다는 걸 알게 되었습니다. 대중성과는 거리가 멀어도 유튜브에 가끔가다보면 전문성으로 무장한 이렇게 유익한 영상들이 종종 있는 것 같습니다. 암튼 영상을 보시면 아시겠지만, 우리말로 생물정보학 교육을 하는 사이트 4곳을 소개해주는데요, 그것은 바로 KOBIC 교육센터, 한국제약바이오협회, 한국생명정보.. 더보기
[19일차] 논문 배경 지식 :: 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포 안녕하세요 이번 글에서는 최근에 읽고 있는 논문의 배경 지식인 '지방 세포'에 관한 지식을 몇 가지 정리해보고자 합니다. 기존에 읽던 논문은 다 읽고 다시 정리도 해보면서 복습을 해봤는데요, 제대로 이해했는지는 잘 모르겠지만 그래도 다 읽고 정리했다는 점에서 뿌듯하긴 합니다. 정리한 부분은 노션에다가 비공개로 앞으로도 하나씩 정리해두고 있습니다.    What is 지방세포(adipocyte)?  지방세포는 "지방 조직의 20~40%를 차지하며 에너지 저장, 내분비 기능 열 발생 등을 하는 세포 1)"입니다.   지방세포에 대해 배웠던 건 2학년 2학기 때 금나나 교수님의 교양 수업인 '건강한 식생활'을 들었을 때 였던 거 같은데, 지방세포가 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포로 분류되었던.. 더보기
[18일차] 브릭 웨비나 정리2 : '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구' 18일차에서는 어제 본 브릭 웨비나 영상인 '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구'에 대해 정리해보는 시간을 가져보겠습니다. 참고로, 14일차 글에서도 Single Cell RNA-seq에 대한 브릭 웨비나 영상을 가볍게 정리한 적이 있는데, 관심이 있으시다면 참고 바랍니다. [14일차] 브릭 웨비나 정리, 정현우 막스플랑크연구소 종신연구원, Single Cell RNA-Seq Analysis이번 글에선 전 글에서 정리하긴 했지만, 생물정보학 관련 논문을 읽으면서 좀 더 알아야 할 것 같다고 느껴서 관련 자료를 찾다가 우연히 본 'Single Cell RNA-seq'와 관련된 웨비나 영상을 간단하게 tkmstudy.tistory.com 이번 웨비나에선 ILLUMINA 코리아, .. 더보기
[17일차] Signaling Entropy, Nanog, PAGA graph, 5-FU, Brdu, pHH3 안녕하세요, 전에 읽던 논문0)을 이어서 읽다가 정리할 부분 몇 가지가 생겨서 다시 글을 쓰게 되었습니다. 이제 처음 논문을 읽었을 때보단 논문 구절들을 이해하는 속도가 빨라진 것 같고, 한줄 한줄 비교적 잘 넘어가서 정리해야할 부분도 적어진 것 같습니다. 물론, 아직 익숙치 않은 부분들이 여전히 많긴 합니다. 1. Signaling Entropy 우선 Entropy란 "에너지 전환 과정에서 쓸모 없어지는 무언가를 발견하고 정의한 것1)"으로 보통 '무질서도'라고 말하곤 하죠? 예전에 군대 복무할 때 같이 복무하던 고려대 생명 관련 전공 형이 "자연의 모든 메커니즘은 엔트로피가 높아지는 안정적인 양상을 띌 뿐"이란 걸 꼭 기억하라며 '엔트로피'를 강조하던 기억이 납니다. 이러한 의미를 갖는 'Entrop.. 더보기

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