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생물정보학(바이오인포매틱스)

[대학원 준비 6일차] mRNA splicing, Exonic splicing enhancers(ESEs), 그리고 self-splicing 오늘은 전에 5' capping과 3' tailing으로 만들어진 pre-mRNAs가 mature mRNAs가 되기 위해 필요한 RNA splicing 절차에 대해 소개해보도록 하겠습니다.   [대학원 준비 5일차] transcription in eukaryotes, 5' methyIguanosine cap(5' capping)과 3이번엔 rRNA, tRNA에 이어 mRNA의 합성과 프로세스 과정에 대해 살펴보겠습니다. [대학원 준비 5일차] 이론 복습 :: U20 snoRNA, U68 snoRNA, 그리고 tRNA(transfer RNA)오늘은 4일 차 글에 이어 Transcription 관련 이tkmstudy.tistory.com  우선 RNA splicing은 간단히 말해, pre-mRNAs의 In.. 더보기
[대학원 준비 5일차] transcription in eukaryotes, 5' methyIguanosine cap(5' capping)과 3 이번엔 rRNA, tRNA에 이어 mRNA의 합성과 프로세스 과정에 대해 살펴보겠습니다. [대학원 준비 5일차] 이론 복습 :: U20 snoRNA, U68 snoRNA, 그리고 tRNA(transfer RNA)오늘은 4일 차 글에 이어 Transcription 관련 이론 복습을 해보도록 하겠습니다. [대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: transcription in bacteria, rRNA preprocessing이번 글에서는 전 글에 이어 전공 수업 때 배운 tkmstudy.tistory.com 전에 bacteria에서 mRNAs가 합성되는 절차를 다뤘던 것 같은데, 이번엔 RNA polymerase II에 의해 진핵생물에서 mRNAs가 합성되는 절차를 설명해보겠습니다. 우선, RNA polyme.. 더보기
[대학원 준비 5일차] 이론 복습 :: U20 snoRNA, U68 snoRNA, 그리고 tRNA(transfer RNA) 오늘은 4일 차 글에 이어 Transcription 관련 이론 복습을 해보도록 하겠습니다.  [대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: transcription in bacteria, rRNA preprocessing이번 글에서는 전 글에 이어 전공 수업 때 배운 'Transcription' 관련 이론 복습을 해보려고 하는데 먼저 bacteria의 Transcription 과정을 정리해보겠습니다.    [대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: RNA polymtkmstudy.tistory.com  우선, U20 snoRNA가 어떻게 methylation을 유도하는지 그림을 그려봤습니다.   설명하자면, pre-rRNA의 metylated nucleotide(CH3있는 곳)가 snoRNA와 수소결합을 형성하며,.. 더보기
[대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: transcription in bacteria, rRNA preprocessing 이번 글에서는 전 글에 이어 전공 수업 때 배운 'Transcription' 관련 이론 복습을 해보려고 하는데 먼저 bacteria의 Transcription 과정을 정리해보겠습니다.    [대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: RNA polymerase에 의한 transcription process들어가기 전에 우선 Eric Chow라는 분이 NGS methods에 대해 잘 설명해주시는 것 같아서 아래 설명 영상도 어제 저녁에 봤는데, NGS(next generation sequencing)란 무엇이고 어디에 적용될 수 있는지 overview가tkmstudy.tistory.com  RNA polymerase는 우선 5개의 subunits이 core enzyme을 형성하는데, 이 효소는 accessory.. 더보기
[대학원 준비 4일차] 이론 복습 :: RNA polymerase에 의한 transcription process 들어가기 전에 우선 Eric Chow라는 분이 NGS methods에 대해 잘 설명해주시는 것 같아서 아래 설명 영상도 어제 저녁에 봤는데, NGS(next generation sequencing)란 무엇이고 어디에 적용될 수 있는지 overview가 궁금하신 분들은 보시면 큰 도움이 되실 것 같습니다.   결국 gene expression level을 확인하는 것은 tumor cell이 유전 정보를 혈액으로 보내는 만큼 tumor의 gene expression이 발견되는지  혹은 외부 병원균(SARS-CoV-2 등)이 몸에 침투했는지, gene에 mutation이 발생했는지 등을 확인하여 질병 치료 및 예방에 도움을 줄 수 있을 것입니다.  이를 IIMUNIA 보고서1)에서 한 줄로 잘 설명해주었습니다.. 더보기
[대학원 준비 3일차] SMART-seq에 대하여 (template switch) 이번 글에선 저번 글에서 살펴봤던 single-cell RNA seq 기술 중 SMART-seq을 알아보겠습니다.  [대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대학원tkmstudy.tistory.com  참고로, 여기서 SMART는 Switching mechanism at 5’ end of RNA template의 약자라고 합니다... 더보기
[대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여 오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대학원 준비 2일차] multiple displacement amplification(MDA) & multiple annealing and looping-based amplification cycles이번엔 single-cell multiomics analysis를 위한 시퀀싱 기술들을 알아보겠습니다. 우선 single-cell sequencing 기술들은 아래 유튜브에서 잘 설명해주었으.. 더보기
[대학원 준비 2일차] multiple displacement amplification(MDA) & multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) 이번엔 single-cell multiomics analysis를 위한 시퀀싱 기술들을 알아보겠습니다. 우선 single-cell sequencing 기술들은 아래 유튜브에서 잘 설명해주었으니 영상을 보시길 추천드립니다.    아래 영상은 아주 간단하지만 그래도 multiomics에 대해 쉽게 설명해둔 것 같아 나중에 또 보려고 링크를 함께 올립니다.   저는 앞선 논문0)에 등장하는 기술을 소개해드리려 하며, 첫번째는 single-cell whole genome sequencing (scWGS) mehods입니다. scWGS는 유전적으로 다양한 시스템인 solid tumors와 관련된 개별 세포들 사이의 genome-level molecular differences를 평가하는데 사용될 수 있는데,이를 .. 더보기

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