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생물정보학(바이오인포매틱스)

[19일차] 논문 배경 지식 :: 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포 안녕하세요 이번 글에서는 최근에 읽고 있는 논문의 배경 지식인 '지방 세포'에 관한 지식을 몇 가지 정리해보고자 합니다. 기존에 읽던 논문은 다 읽고 다시 정리도 해보면서 복습을 해봤는데요, 제대로 이해했는지는 잘 모르겠지만 그래도 다 읽고 정리했다는 점에서 뿌듯하긴 합니다. 정리한 부분은 노션에다가 비공개로 앞으로도 하나씩 정리해두고 있습니다. What is 지방세포(adipocyte)? 지방세포는 "지방 조직의 20~40%를 차지하며 에너지 저장, 내분비 기능 열 발생 등을 하는 세포 1)"입니다. 지방세포에 대해 배웠던 건 2학년 2학기 때 금나나 교수님의 교양 수업인 '건강한 식생활'을 들었을 때 였던 거 같은데, 지방세포가 백색 지방세포, 갈색 지방세포, 베이지색 지방세포로 분류되었던.. 더보기
[18일차] 브릭 웨비나 정리2 : '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구' 18일차에서는 어제 본 브릭 웨비나 영상인 '단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포와 암세포 상호작용 연구'에 대해 정리해보는 시간을 가져보겠습니다. 참고로, 14일차 글에서도 Single Cell RNA-seq에 대한 브릭 웨비나 영상을 가볍게 정리한 적이 있는데, 관심이 있으시다면 참고 바랍니다. [14일차] 브릭 웨비나 정리, 정현우 막스플랑크연구소 종신연구원, Single Cell RNA-Seq Analysis이번 글에선 전 글에서 정리하긴 했지만, 생물정보학 관련 논문을 읽으면서 좀 더 알아야 할 것 같다고 느껴서 관련 자료를 찾다가 우연히 본 'Single Cell RNA-seq'와 관련된 웨비나 영상을 간단하게 tkmstudy.tistory.com 이번 웨비나에선 ILLUMINA 코리아, .. 더보기
[17일차] Signaling Entropy, Nanog, PAGA graph, 5-FU, Brdu, pHH3 안녕하세요, 전에 읽던 논문0)을 이어서 읽다가 정리할 부분 몇 가지가 생겨서 다시 글을 쓰게 되었습니다. 이제 처음 논문을 읽었을 때보단 논문 구절들을 이해하는 속도가 빨라진 것 같고, 한줄 한줄 비교적 잘 넘어가서 정리해야할 부분도 적어진 것 같습니다. 물론, 아직 익숙치 않은 부분들이 여전히 많긴 합니다. 1. Signaling Entropy 우선 Entropy란 "에너지 전환 과정에서 쓸모 없어지는 무언가를 발견하고 정의한 것1)"으로 보통 '무질서도'라고 말하곤 하죠? 예전에 군대 복무할 때 같이 복무하던 고려대 생명 관련 전공 형이 "자연의 모든 메커니즘은 엔트로피가 높아지는 안정적인 양상을 띌 뿐"이란 걸 꼭 기억하라며 '엔트로피'를 강조하던 기억이 납니다. 이러한 의미를 갖는 'Entrop.. 더보기
[16일차] 장연규 연세대 시스템생물학과 교수님의 후성유전학 관련 책 리뷰, < 유전자 스위치 > 안녕하세요, 오늘 글에서는 최근에 재밌게 읽은 과학책인 장연규 연세대 시스템생물학과 교수님이 집필한 '유전자 스위치'에 대해 간단하게 리뷰해보고자 합니다. 참고로 책 속 내용 정리에 있어 아직 전문 지식이 부족한지라 오류가 있을 수 있으니 양해부탁드리며, 발견하신 오류가 있다면 댓글이나 메일을 통해 알려주시면 감사드리겠습니다. 메일: tkm1214@naver.com   '유전자 스위치'라는 제목을 언뜻 접했을 때는 괜히 거부감이 들 수 있을 것 같습니다.'유전자'라는게 우리 몸의 구조와 기능을 결정하는 데 기여하는 물질이다 보니  유전자를 ON/OFF한다는 것은 괜히 공상영화에서 나오듯 우리 몸의 정보를 인위적으로 조작하는 것처럼 느껴지기도 합니다.  그렇지만 우리 몸의 '유전자 스위치'라고 여겨지는 책.. 더보기
[15일차] 논문 공부 :: DMEM / F12, Higly Variable Genes (HVGs), Data Normalization 이번 글에서도 저번처럼 현재 읽고 있는 논문0)을 읽으면서 중요하다고 생각되는 몇 가지 개념들에 대해 가볍게 정리하고 가도록 하겠습니다.   [12일차] 논문 공부 :: Chromogenic IHC와 Immunofluroscence(IF), Cell fixation with PFA이번 글에서는 전 글에 이어 논문 관련 이론 정리를 하는 시간을 가져보도록 하겠습니다. [12일차] 논문 관련 이론 정리 :: Tet-On & Tet-Off System, IRES와 2A peptide전 글에서 말씀드렸듯이, 요즘 Zotero를tkmstudy.tistory.com  처음 이렇게 여러 개념들을 하나하나 정리해가면 나중에 다른 논문을 읽을 때 좀 더 수월하게 읽을 수 있지 않을까 기대해봅니다. 지금은 거의 다 생소하.. 더보기
[14일차] 브릭 웨비나 정리, 정현우 막스플랑크연구소 종신연구원, Single Cell RNA-Seq Analysis 이번 글에선 전 글에서 정리하긴 했지만, 생물정보학 관련 논문을 읽으면서 좀 더 알아야 할 것 같다고 느껴서 관련 자료를 찾다가 우연히 본 'Single Cell RNA-seq'와 관련된 웨비나 영상을 간단하게 정리해보도록 하겠습니다. * SingleCell-RNA seq와 관련된 글  [대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대.. 더보기
[13일차] 장내 미생물 간의 상호작용(microbe-microbe interactions) 유형에 대하여 이번 글에서는 잠깐 졸업 논문과 관련한 이론을 복습하고 가도록 하겠습니다. 이번에 다뤄 볼 주제는 '장내 미생물간의 관계(association between Gut Microbiotas)'입니다.우선, 전에 읽었던 책1)의 미생물과 관련한 인상 깊은 구절을 인용하며 시작해보겠습니다. “미생물은 크기가 작고 보유한 유전자 수도 적어 개별 미생물의 기능은 매우 한정적이어서 독자적으로 생존하기가 쉽지 않다. 따라서 미생물은 서로 연결되어 상호의존하며 살아가는 능력을 수십 억 년 동안 장구한 시간에 걸쳐 진화시켜왔다. 이 상호연결성이 미생물의 특출한 능력이다.”- 이러한 '상호연결성'을 특징으로 가지는 미생물은 사람의 장(창자, intestine) 내에도 존재합니.. 더보기
[12일차] 논문 공부 :: Chromogenic IHC와 Immunofluroscence(IF), Cell fixation with PFA 이번 글에서는 전 글에 이어 논문 관련 이론 정리를 하는 시간을 가져보도록 하겠습니다. [12일차] 논문 관련 이론 정리 :: Tet-On & Tet-Off System, IRES와 2A peptide전 글에서 말씀드렸듯이, 요즘 Zotero를 활용해 논문 하나를 제대로 분석해보는 연습을 하고 있습니다. [11일차] 대학원 준비생을 위한 'Zotero'를 활용한 논문 학습 방법안녕하세요, 오늘은 어제tkmstudy.tistory.com 3. Chromogenic Immunohistochemistry & Immunofluorescence(IF) 이 두가지는 Immunohisochemistry 방식으로 reporter로 발색 침전물을 생성하는 '효소'를 활용하느냐 발광하는 '형광 물질'을 활용하느냐에 차이가.. 더보기

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