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생물정보학(바이오인포매틱스)

[대학원 준비 3일차] SMART-seq에 대하여 (template switch) 이번 글에선 저번 글에서 살펴봤던 single-cell RNA seq 기술 중 SMART-seq을 알아보겠습니다.  [대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대학원tkmstudy.tistory.com  참고로, 여기서 SMART는 Switching mechanism at 5’ end of RNA template의 약자라고 합니다... 더보기
[대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여 오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대학원 준비 2일차] multiple displacement amplification(MDA) & multiple annealing and looping-based amplification cycles이번엔 single-cell multiomics analysis를 위한 시퀀싱 기술들을 알아보겠습니다. 우선 single-cell sequencing 기술들은 아래 유튜브에서 잘 설명해주었으.. 더보기
[대학원 준비 2일차] multiple displacement amplification(MDA) & multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) 이번엔 single-cell multiomics analysis를 위한 시퀀싱 기술들을 알아보겠습니다. 우선 single-cell sequencing 기술들은 아래 유튜브에서 잘 설명해주었으니 영상을 보시길 추천드립니다.    아래 영상은 아주 간단하지만 그래도 multiomics에 대해 쉽게 설명해둔 것 같아 나중에 또 보려고 링크를 함께 올립니다.   저는 앞선 논문0)에 등장하는 기술을 소개해드리려 하며, 첫번째는 single-cell whole genome sequencing (scWGS) mehods입니다. scWGS는 유전적으로 다양한 시스템인 solid tumors와 관련된 개별 세포들 사이의 genome-level molecular differences를 평가하는데 사용될 수 있는데,이를 .. 더보기
[대학원 준비 2일차] single cell multiomics analysis를 위한 cell isolation과 barcoding 안녕하세요 오늘은 1일차에 이어 single-cell multiomics를 위한 시퀀싱 기술들을 정리해보려고 합니다.   [대학원 준비 1일차] multiomics란?안녕하세요, 전에 인체 시스템 정리에 이어 이제 논문을 읽으며 논문 내용을 정리해보려 합니다. 그런 차원에서 오늘 저녁을 기점으로 공부 기록할 수 있는 만큼 기록하면서 일 수를 세보려고tkmstudy.tistory.com  그러기 전에 본 분석을 수행하기 위해선 동일 세포에서의 multipe types의 분자들을 isolate시키고해당 분자들을 barcoding하는 절차가 필수1)인 만큼 single-cell mulitiomics analysis를 위한 'cell isolation'와 'barcoding'절차를 소개해보도록 하겠습니다.   .. 더보기
[대학원 준비 1일차] multiomics란? 안녕하세요, 전에 인체 시스템 정리에 이어 이제 논문을 읽으며 논문 내용을 정리해보려 합니다. 그런 차원에서 오늘 저녁을 기점으로 공부 기록할 수 있는 만큼 기록하면서 일 수를 세보려고 합니다 :) 우선 대학원 진학을 목표로 'single-cell multiomics'에 대해 먼저 공부를 하고자 하는데 multiomics에 대해 아는게 없어서 우선 리뷰 논문부터 간단히 정리해보겠습니다. 글을 의식의 흐름대로 모르는 부분을 자가 질문하며 이어나가려고 하니 정신 없어도 양해부탁드리겠습니다. 참고로 제가 아직 배경지식이 부족하여 오류가 있을 수 있기에 오류를 발견하셨다면 메일 주시면 감사합니다. 또한, 논문 요약에 있어 저작권 상 문제되는 부분이 있다면 알려주시면 조치하도록 하겠습니다! 메일 : tkm1214.. 더보기
12. 생식계 :: 정자를 만드는 남성의 생식기관, 난자를 만드는 여성의 생식기관, 그리고 수정 & 착상, 아기 탄생 마지막으로 지속 가능한 DNA의 생존을 위한 번식 계통인 생식계(reproductive system)에 대해 정리해보겠습니다.    "생명체의 수명은 유한하지만, 지금의 우리가 있을 수 있는 건 수명이 다하고도 전달되는 몸의 설계도가 있기 때문이다." - 빌 브라이슨, the body    생식계는 생식 세포를 생산하는 기관과 그 모든 부속 기관을 합친 계통을 말합니다.   남성과 여성의 생식기관을 구분하여 정리해보도록 하겠습니다. 남성의 생식 기관  결국에 번식이 가능하기 위해선, 남성의 생식 기관에서 생식세포인 '정자'가 만들어져야 하며, 정자는 정소에서 만들어지고 수정관을 거쳐 음경을 통해 여성의 생식 기관으로 이동합니다.  여성의 생식 기관  난자는 난소에서 만들어지고, 배란의 시기가 되면 미성숙.. 더보기
11. 내분비계 :: 호르몬을 분비하는 갑상선, 부갑상선, 이자의 랑게르한스섬 등 이번엔 몸 내부로 호르몬을 분비하는 기관들의 집합인 내분비계(endocrine system)를 정리해보겠습니다.    우선, 내분비계의 핵심인 내분비샘은 외분비샘과 달리 분비관이 없고 혈관계가 분비샘 내부에 있어서 호르몬을 혈액으로 분비하는 구조로 몸이 되어 있습니다.  그러면 이제 몸 곳곳에 있는 내분비샘들을 정리해보겠습니다.   우선 내분비샘인 시상하부, 뇌하수체, 송과샘은 신경계에서 정리했었습니다.  01. 신경계 : 중추신경계, 뇌 (대뇌, 가장자리계, 사이뇌, 바닥핵, 뇌줄기, 소뇌)안녕하세요, 과학커뮤니케이터 TKM입니다.    이번엔 시리즈로 해서 우리의 생존과 번식을 위하는 인체의 12계의 시스템에 대해 공부겸 정리해보고자 합니다. 우선 노션에 개념을 정리해두긴tkmstudy.tistory.. 더보기
10. 비뇨계 :: 콩팥(네프론, 집합관), 오줌관, 방광, 그리고 요도 이번 장에서는 몸의 노폐물을 제거하는 것은 물론,  혈압과 체액의 삼투압, pH를 조절하는 기능을 하는 몸의 시스템, 비뇨계에 대해 알아보겠습니다.    비뇨계를 통해 배출되는 노폐물은 물, 이산화탄소, 질소 노폐물로 이루어집니다. 여기서 물은 탄수화물, 지방, 단백질이 분해될 때 생성이 되며 몸 속에서 재사용되거나, 날숨(폐)으로 나가거나, 땀으로 배설되지 않은 물은 '오줌(콩팥)'으로 배설되게 됩니다.     이산화탄소 또한 탄단지가 분해될 때 생성되는 노폐물입니다.질소노폐물(암모니아, 요소, 요산 등)은 단백질이 분해될 때만 생성되고, 오줌을 통해 배설됩니다.  다음으로 콩팥, 오줌관, 방광, 요도로 이루어진 배설기관에 대해 정리해보겠습니다. 1. 콩팥 (Kidney)   콩팥은 혈액에서 노폐물을 .. 더보기

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