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생물정보학(바이오인포매틱스)

[16일차] 장연규 연세대 시스템생물학과 교수님의 후성유전학 관련 책 리뷰, < 유전자 스위치 > 안녕하세요, 오늘 글에서는 최근에 재밌게 읽은 과학책인 장연규 연세대 시스템생물학과 교수님이 집필한 '유전자 스위치'에 대해 간단하게 리뷰해보고자 합니다. 참고로 책 속 내용 정리에 있어 아직 전문 지식이 부족한지라 오류가 있을 수 있으니 양해부탁드리며, 발견하신 오류가 있다면 댓글이나 메일을 통해 알려주시면 감사드리겠습니다. 메일: tkm1214@naver.com   '유전자 스위치'라는 제목을 언뜻 접했을 때는 괜히 거부감이 들 수 있을 것 같습니다.'유전자'라는게 우리 몸의 구조와 기능을 결정하는 데 기여하는 물질이다 보니  유전자를 ON/OFF한다는 것은 괜히 공상영화에서 나오듯 우리 몸의 정보를 인위적으로 조작하는 것처럼 느껴지기도 합니다.  그렇지만 우리 몸의 '유전자 스위치'라고 여겨지는 책.. 더보기
[15일차] 논문 공부 :: DMEM / F12, Higly Variable Genes (HVGs), Data Normalization 이번 글에서도 저번처럼 현재 읽고 있는 논문0)을 읽으면서 중요하다고 생각되는 몇 가지 개념들에 대해 가볍게 정리하고 가도록 하겠습니다.   [12일차] 논문 공부 :: Chromogenic IHC와 Immunofluroscence(IF), Cell fixation with PFA이번 글에서는 전 글에 이어 논문 관련 이론 정리를 하는 시간을 가져보도록 하겠습니다. [12일차] 논문 관련 이론 정리 :: Tet-On & Tet-Off System, IRES와 2A peptide전 글에서 말씀드렸듯이, 요즘 Zotero를tkmstudy.tistory.com  처음 이렇게 여러 개념들을 하나하나 정리해가면 나중에 다른 논문을 읽을 때 좀 더 수월하게 읽을 수 있지 않을까 기대해봅니다. 지금은 거의 다 생소하.. 더보기
[14일차] 브릭 웨비나 정리, 정현우 막스플랑크연구소 종신연구원, Single Cell RNA-Seq Analysis 이번 글에선 전 글에서 정리하긴 했지만, 생물정보학 관련 논문을 읽으면서 좀 더 알아야 할 것 같다고 느껴서 관련 자료를 찾다가 우연히 본 'Single Cell RNA-seq'와 관련된 웨비나 영상을 간단하게 정리해보도록 하겠습니다. * SingleCell-RNA seq와 관련된 글  [대학원 준비 3일차] single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)에 대하여오늘은 single-cell multiomics analysis를 위한 기술 중 single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods를 정리해보겠습니다.어제는 single cell whole genomcing sequencing methods인 MDA와 MALBAC에 대해 정리했었죠?   [대.. 더보기
[13일차] 장내 미생물 간의 상호작용(microbe-microbe interactions) 유형에 대하여 이번 글에서는 잠깐 졸업 논문과 관련한 이론을 복습하고 가도록 하겠습니다. 이번에 다뤄 볼 주제는 '장내 미생물간의 관계(association between Gut Microbiotas)'입니다.우선, 전에 읽었던 책1)의 미생물과 관련한 인상 깊은 구절을 인용하며 시작해보겠습니다. “미생물은 크기가 작고 보유한 유전자 수도 적어 개별 미생물의 기능은 매우 한정적이어서 독자적으로 생존하기가 쉽지 않다. 따라서 미생물은 서로 연결되어 상호의존하며 살아가는 능력을 수십 억 년 동안 장구한 시간에 걸쳐 진화시켜왔다. 이 상호연결성이 미생물의 특출한 능력이다.”- 이러한 '상호연결성'을 특징으로 가지는 미생물은 사람의 장(창자, intestine) 내에도 존재합니.. 더보기
[12일차] 논문 공부 :: Chromogenic IHC와 Immunofluroscence(IF), Cell fixation with PFA 이번 글에서는 전 글에 이어 논문 관련 이론 정리를 하는 시간을 가져보도록 하겠습니다. [12일차] 논문 관련 이론 정리 :: Tet-On & Tet-Off System, IRES와 2A peptide전 글에서 말씀드렸듯이, 요즘 Zotero를 활용해 논문 하나를 제대로 분석해보는 연습을 하고 있습니다. [11일차] 대학원 준비생을 위한 'Zotero'를 활용한 논문 학습 방법안녕하세요, 오늘은 어제tkmstudy.tistory.com 3. Chromogenic Immunohistochemistry & Immunofluorescence(IF) 이 두가지는 Immunohisochemistry 방식으로 reporter로 발색 침전물을 생성하는 '효소'를 활용하느냐 발광하는 '형광 물질'을 활용하느냐에 차이가.. 더보기
[12일차] 논문 관련 이론 정리 :: Tet-On & Tet-Off System, IRES와 2A peptide 전 글에서 말씀드렸듯이, 요즘 Zotero를 활용해 논문 하나를 제대로 분석해보는 연습을 하고 있습니다. [11일차] 대학원 준비생을 위한 'Zotero'를 활용한 논문 학습 방법안녕하세요, 오늘은 어제부터 활용하고 있는 'Zotero'라는 논문 정리 플랫폼 활용 방법을 정리해보려고 합니다. Zotero | Your personal research assistant www.zotero.org 사용한지 하루 밖에 되지 않아 활tkmstudy.tistory.com 연구가 익숙치 않다보니 한 줄 한 줄 이게 뭔지, 그리고 왜 활용되고 어떻게 적용되는지 알아가고 있는지라 논문 하나 읽는데 꽤 시간이 걸릴 느낌입니다. 물론 논문 하나만 본다기보다 논문에 나온 개념과 관련한 논문, 자료 조사, 선행 논문 등을 찾아.. 더보기
[11일차] Transcriptional repression :: histone methylation & DNA methylation 이번 글에서는 gene regulation 중 Transcriptional control에 대해 전 글에 이어 작성해보도록 하겠습니다. [10일차] Transcriptional Factors에 의한 gene regulation, Transcriptional ActivationBacterial Operon에 이어 이번엔 Eukaryotes의 gene expression 조절 기전에 대해 살펴보도록 하겠습니다. [10일차] Lac Operon(structural genes, promoter, operator), 그리고 lactose와 관련된 β-galactosidase 등의 효소오늘은 tkmstudy.tistory.com 먼저 Transcriptional control 과정 중 Transcriptional .. 더보기
[11일차] 대학원 준비생을 위한 'Zotero'를 활용한 논문 학습 방법 안녕하세요, 오늘은 어제부터 활용하고 있는 'Zotero'라는 논문 정리 플랫폼 활용 방법을 정리해보려고 합니다.  Zotero | Your personal research assistant www.zotero.org  사용한지 하루 밖에 되지 않아 활용 전략이 수정되는대로 업데이트할 예정입니다. 참고로 최근에 논문 정리 방법을 다루는 좋은 글을 봐서 공유합니다.   과학자 되기 #3 논문 읽는 습관과 논문 정리 방식 : Story - 이야기의 숲1. 논문 빠르게 읽는 방법논문은 연구 내용이 압축되어 있으며 전문 용어와 전문적인 내용이 많아 관련 분야 전문가라 해도 논문 내용을 완전히 이해하기가 어렵습니다. 매주 출판되는 수많은soopsci.com  우선 다운 받은 논문 PDF 파일을 Zotero에 불러.. 더보기