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생물정보학(바이오인포매틱스)

[11일차] 대학원 준비생을 위한 'Zotero'를 활용한 논문 학습 방법

 
안녕하세요, 오늘은 어제부터 활용하고 있는 'Zotero'라는 논문 정리 플랫폼 활용 방법을 정리해보려고 합니다.
 

 

Zotero | Your personal research assistant

 

www.zotero.org

 

 
사용한지 하루 밖에 되지 않아 활용 전략이 수정되는대로 업데이트할 예정입니다.
 
참고로 최근에 논문 정리 방법을 다루는 좋은 글을 봐서 공유합니다.
 
 

 

과학자 되기 #3 논문 읽는 습관과 논문 정리 방식 : Story - 이야기의 숲

1. 논문 빠르게 읽는 방법논문은 연구 내용이 압축되어 있으며 전문 용어와 전문적인 내용이 많아 관련 분야 전문가라 해도 논문 내용을 완전히 이해하기가 어렵습니다. 매주 출판되는 수많은

soopsci.com

 

 
우선 다운 받은 논문 PDF 파일을 Zotero에 불러오면, 본래 파일이 이름이 무엇이었든지 관계 없이 논문 제목과 저자, 저널 등의 정보를 자동으로 인식하여 다음과 같이 표시해주더군요.
 

 
 
그렇게 논문을 클릭하면, PDF에서처럼 형광펜과 메모로 강조 표시를 할 수 있는데, 직선 밑줄도 가능해서 좋았습니다.
 

 

 
제대로 읽고자 하는 논문(주 논문)은 한 줄 한 줄 읽으면서 궁금한 점들이나 드는 생각(추측, 이유 등)을 메모를 통해 기록하려고 하고
 
주 논문에 대한 배경 지식을 설명하는 논문이나, 리뷰 논문, 주 논문의 선행 연구와 관련된 논문은 간단하게 읽으려고 합니다. 참고로 Zetero에서는 연관된 논문을 논문의 'related' 메뉴로 기록해둘 수 있게 해두었습니다.
 

 
 
특히 제대로 읽고자 하는 논문은 제가 직접 해당 연구를 한 연구자가 된 것처럼 실험에서 어떤 점을 주의해야 하고, 어떻게 실험을 진행할 수 있고, 결과값은 어떻게 얻고 분석해낼 수 있을지 고민해보려고 합니다. 따라서 논문 속  METHOD나 FIGURE도 제대로 분석해보려고 하고, 이렇게 분석한 내용은 개인 블로그에 공개하는 건 문제가 될 수 있으니 비공개 글, 한글 & PPT 문서 혹은 ZETERO 플랫폼에 따로 기록해두려고 합니다.
 
ZETERO에선 강조 표시를 하고 강조 부분을 클릭하면 메모를 할 수 있고, 메모의 색깔도 구분할 수 있어서 노란색은 핵심 내용, 빨간색은 의문점, 초록색은 추측 및 예측(후속연구 가능성), 파란색은 영단어 해석으로 기록하려 합니다. 특히 논문 한 개당 질문을 최대한 많이 해보려고 합니다.
 
그리고 질문 점들은 한 부분에 정리하고(문제될 수 있으니 비공개) 그에 답변을 조사하면서, 한 개 논문을 읽으면서 그와 관련된 여러 논문들도 확인해보려고 합니다.
 


 
 
그렇게 논문을 다 읽으면 연구 목적, 연구 가설, 연구 설계(이미지로 흐름 정리), 연구결과, 논문의 가치, 한계 및 후속 연구 가능성, 용어 정리 등의 기준으로 논문 내용을 간단하게 요약 및 정리해보려고 하며, 해당 부분은 문제되지 않는 선에서 TISTORY에 간단하게 포스팅해보도록 하겠습니다. Zotero에도 논문 별로 노트할 수 있는 기능이 있어서 보기좋게 기록해두려 합니다. 논문을 읽으며 인상깊었던 구절도 이곳에다가 정리해두면 보기 편할 것 같기도 합니다.

 

 
 
아직 논문에 익숙치 않아 논문 요약 및 정리에 오류가 많을 수 있는데 피드백 주실 수 있는 부분이 있다면 메일 주시면 감사드리겠습니다!  (e-mail : tkm1214@naver.com)
 
 
 
특히 논문을 꼼꼼하게 여러 번 읽으면서 정독할 것인 만큼 포스팅 주기가 좀 늦어질 것 같지만, 그래도 아직 논문에 익숙치 않은 만큼 확실하게 소수의 논문이라도 확실히 파악하는 것이 좋을 것 같아서 해보려고 합니다.
 
이와 더불어 현재 하던 것 처럼 이론 복습과 Multiomics 관련 리뷰 논문 등을 간단하게 확인하고 정리하는 과정도 계속 하려고 합니다. 그래도 초점은 'Zotero 플랫폼을 활용한 실험 논문 분석'에 두어보겠습니다.
 
최신 연구 동향을 파악하기 위해 관심 분야의 저널 사이트 정리를 Notion을 활용해서 정리해보려고 했는데 아직 제가 전문 분야가 정해진 것도 아니어서 일단 관심이 가는 논문들을 자유롭게 선택해서 조사해봐야겠습니다.
 

아무튼 간에 다시 Zotero에 대한 이야기로 돌아와서, 제가 지금까지 논문들을 그냥 다운만 받아두고 이름을 기록 안해두어서 파일 이름들만 봤을 때 뭐가 뭔지 구분이 안되었는데 이제 Zotero를 활용하면 논문 제목이 자동으로 파일 이름에 기록이 되어 편리하게 구분할 수 있고, 논문이 쌓이고 나면 논문들도 구분해서 정리할 수 있을 듯 합니다. 

 

 
 
또 좋은 점은 논문을 오른쪽 클릭해서 '참고문헌 목록 생성'이라는 걸 클릭하면 원하는 형식에 맞게 논문 레퍼런스도 수집할 수 있는 듯 해서 논문 작성에 유용하게 활용할 수 있을 것 같습니다.
 

 
 
그리고 'Tag'라는 것도 있던데, 논문 속 주요 테크닉(ex. scRNA-seq)이나 핵심 개념을 위주로 태그를 만들어서 분류해서 확인해볼 수 있도록 해봐야겠습니다.
 

 
 
사실 어제 잠깐 논문 정리 차 활용해보고 오늘 다시 본게 전부라서 더 활용해보면서 유용한 TIP이 있으면 공유해보도록 하겠습니다.
 
아래 영상을 보니까 Zotero는 참고문헌 작성을 빠르고 정확하게 하는데 유용한 듯 합니다. 영상도 참고하시길 추천드립니다.