안녕하세요, 오늘은 저번 글에 이어 '생물정보학 입문 책' 챕터 3 나머지 부분을 정리해보도록 하겠습니다. 전 글에서 말했듯 '수평적 유전자 전달'에 대한 내용부터 시작하겠습니다.
[46일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-1 :: 인생의 전경, DNA와 RNA, 그리고 단백질의 이야기
안녕하세요, 이번 글에서는 '생물정보학 입문' 책의 두번째 챕터에 이어 세번째 챕터를 정리해보고자 합니다. 세번째 챕터는 이전 챕터보다 굉장히 길더군요. [43일차] 생물정보학 입문 책
tkmstudy.tistory.com
일반적으로, 수평적 유전자 전달은 복제 또는 교배 중에 부모로부터의 후손이 아닌 다른 수단을 통해서, 실험실 절차가 아닌 자연적인 방법을 통해서, 한 유기체가 다른 유기체로부터 유전물질을 획득하는 것을 의미한다. 폐렴구균 형질전환 실험과 같이 직접 흡수나 바이러스 매개체를 통한 수평적 유전자 전달의 여러 메커니즘이 알려져 있다. 1)
저자가 말하길, 이러한 미생물의 '수평 유전자 전달(HGF, Horizontal Gene Transfer)'은 전사, 번역 등 생물의 중심원리에 관여하는 유전자보다는 생합성과 같이 '관리' 활동을 담당하는 작동 유전자에서 더 많이 발생한다고 합니다. 최근에 '수평 유전자 전달' 기작이 몸 속 미생물 군집이 항생제 내성을 빠르게 획득하는데 기여한다는 내용을 봤던 기억이 나는데요. 세대를 거치지 않고도 항생제 내성 유전자를 주변의 미생물에게 전달하여 주변의 미생물도 항생제 내성을 갖게 할 수 있기 때문이죠. 그렇다면, 미생물에서 '수평 유전자 전달'이 이루어지는 항생제 내성 유전자의 예로는 무엇이 있으며, 그 유전자가 어떻게 항생제 내성을 갖게 하는지 궁금해집니다.
찾아보니까 다양한 예시가 있었는데요. 일례로 '테트라사이클린(tetracycline)'에 내성을 갖는 유전자인 tet 계열(tet(M) 등) 유전자가 항생제 내성 유전자로서 수평 유전자 전달이 가능하다고 합니다. 여기서 테트라사이클린은 세균의 단백질 합성을 억제하는 항생제이죠. 이때 'tet 계열 유전자'의 발현은 테트라사이클린이 리보솜의 30S 소단위체에 결합하는 걸 막아 단백질 합성이 억제되지 못하게 합니다3). 즉, tet(M)과 같은 tet 계열 유전자의 산물로 만들어진 '리보솜 보호 단백질(ribosomal protection protein)은 테트라사이클린이 원래 결합해야 할 리보솜 부위(tRNA가 결합해야 하는 리보솜 A site)에 직접 결합하거나 혹은 그 부위의 구조를 변화시킴으로써 테트라사이클린이 리보솜에 붙는 것을 방해합니다. 그러면서도 tet 계열 유전자는 플라스미드, 트랜스포존 등을 통해 다양한 종으로 수평 유전자 전달이 가능하다고 하죠 . 여기서 '플라스미드'는 세포 내에서 세균의 염색체와 별도로 존재하며 독자적으로 증식할 수 있는 원형 DNA2)로, 보통 생명공학자 분들이 유전자 재조합 벡터로 활용하곤 합니다. 트랜스포존은 게놈에서 위치를 이동할 수 있는 DNA 서열이자 '점핑 유전자(jumping genes)'로 원핵생물(prokaryotes)에서는 종 간에 움직일 수 있는 유전자로 알려져 있습니다. 그렇게 항생제 내성 유전자가 플라스미드 혹은 트랜스포존을 이용해 다른 미생물에게 전달될 수 있는 것입니다. 놀라운건 수평 유전자 전달이 가능한 '미생물의 유전자'가 건강 위험이 있는 인간이나 동물의 세포에게도 직접 전달될 수 있다는 점입니다. 본 책에서는 다음과 같이 설명합니다.
수평적 유전자 전달 현상은 원핵생물에만 국한되지 않는다. 진핵생물과 원핵생물은 모두 키메라(한 몸에 다른 DNA 유전자가 들어간 케이스)다. 진핵생물은 주로 Methanocaldococcus와 관련된 유기체에서 정보 유전자를 얻었고, 작동 유전자는 주로 시아노박테리아(cyanobacteria)와 메탄생성균(methanogens)의 일부 기여와 함께 프로테오박테리아(proteobacteria)에서 얻었다. Methanocaldococcus 자체의 거의 모든 정보 유전자는 효모의 정보 유전자와 유사하다. 1)
우리 몸에 존재하는 미생물이 단순히 거주하고 있는 것을 넘어 우리 몸의 DNA에 미생물의 유전자 서열을 넣고 있었다니 놀랍지 않나요? 물론 그리 흔하진 않겠죠. 허나 놀라운 건 우리 DNA의 약 8 퍼센트가 바이러스 DNA의 잔재4)라는 것입니다. 그 이야기는 나중에 면역 책을 정리할 때 해보도록 하겠습니다. 기억해야 할 건 이러한 미생물의 수평 유전자 전달 메커니즘은 미생물 군집이 빠르게 '항생제 내성'과 같은 그들의 생존에 유리한 형질을 갖게 한다는 것입니다. 무엇보다 이러한 특징은 장(gut)과 같은 우리의 몸 속에 어떤 미생물 균주가 어느 정도 존재하는지 파악하는 메타지노믹스(metagenomics) 분석을 어렵게 하는 요인이 됩니다.
이전에는 Woese의 방법에 따라 16S rRNA 서열을 사용하여 메타게놈 시료에서 개별 종을 특성화하는 것이 일반적이었다. 그러나 복사 수 변화는 종 빈도에 대한 신뢰할 수 없는 지표를 만든다. 수평 유전자 전달은 정확성을 더욱 저하시킨다. 1)
메타지노믹스는 '복잡한 혼합물을 포함하는 천연 시료에서 개별 균주를 배양하지 않고 직적 서열을 결정하는 것을 가능하게 하는 기술1)'을 말합니다. 보통 장내 미생물은 in vitro 배양이 불가하기 때문에, 16S rRNA 시퀀싱을 통해 몸 속(in vivo)에 존재하는 장내미생물의 구성을 파악하는데요. 여기서 16S rRNA 시퀀싱은 장내미생물에 공통적으로 보존되어 존재하면서도 서로 간에 구분이 가능한 '특이성'을 갖는 16S rRNA 서열을 읽어 장내 미생물 구성을 특정 짓는 기술을 말합니다. 사실 그보다 중요한 것은 16S rRNA는 진핵세포와 원핵세포 간에 차이가 난다는 점입니다. 그렇지 않다면 몸에서 얻은 16S rRNA가 우리 몸의 세포에서 유래된 것인지 원핵세포인 장내 미생물에서 유래된 것인지 파악할 수 없을테니까요. 그렇게 우리는 원핵세포에서 유래된 16S rRNA를 선별하여, 서열을 읽은 뒤 그 16S rRNA가 어떤 장내 미생물에서 유래되었을지 파악합니다.
16S rRNA 유전자는 약 1500bp로 되어 있으며, 16S rRNA 시퀀싱(앰플리콘 시퀀싱) 시장의 선두주자인 ILLUMNIA 같은 경우 16S rRNA 유전자의 V region 중 V3와 V4 영역의 서열을 읽는다5)고 합니다. 전에 살펴보았던 scRNA 시퀀싱에서와 마찬가지로 일루미나 시퀀싱은 'Bridge Amplification'과 'Sequencing by Sythesis'을 기본 원리로 유전자 서열을 읽어냅니다(아래 글 참조).
[44일차] 단일세포 전사체 분석 기술 개요 및 프로세스 정리 01 :: sequencing library 준비 및 구축, illum
안녕하세요, 이번엔 단일세포 전사체 분석 기술(single cell RNA-seq analysis)의 전반적인 개요와 고려사항들을 정리해보는 시간을 가져보고자 합니다. 공부 겸 정리하는 건지라 오류가 있을 수 있다는
tkmstudy.tistory.com
16S rRNA 시퀀싱의 한계는 16S rRNA 유전자의 복제 수(copy number)가 미생물 각 종마다 달라 RNA의 상대적 풍부도가 실제와 어긋날 수 있다는 점입니다. 그러면서도 복제 수(copy number)를 보정하지 않는 게 정확한 결과를 얻는데 더 좋다는 게 정설로 여겨진다고 하는데요5). 언뜻 생각하기엔 복제 수의 차이가 존재한다면 기술적 방법의 차이로 복제 수의 차이가 나타날 수 있는 만큼 표준화 절차를 통해 특정 미생물 균주에서 알려진 복제 수에 맞게 보정하여 기술적 차이를 생물학적 차이로 오인하지 않도록 맞춰주는게 좋지 않을까 싶은데 왜 따로 보정을 하지 않는걸까요?
그 이유를 챗GPT(ChatGPT o1)에게 물어보니까, 복제 수는 종마다 편차가 큼과 더불어 데이터베이스에 기록된 복제 수는 대표 균주 기준이거나 실험 및 분석 환경에 따라 달라질 수 있기에, 불완전한 복제 수 정보를 적용하면 오히려 교정 과정에 추가적인 오차를 더 크게 유발할 수 있기 때문이라고 합니다. 책에서도 미생물 종의 복사 수 변화가 종 빈도를 신뢰할 수 없는 지표로 만든다고 언급합니다. 즉, 복제 수 표준화의 '기준'이 객관적이지 못하고 애매하니 기준을 그대로 두는 것입니다. 또한, rRNA 유전자 복제 수가 높다는 건 해당 종이 빠른 생장이나 환경 변화에 대한 적응 능력을 갖추고 있다는 지표가 되기도 하기에 '복제 수 차이'에는 그 종의 생태학적 혹은 생리학적 특징이 영향을 가했을 수 있습니다. 기술적 차이를 생물학적 차이로 오인하는 것도 문제지만, 기술적 차이를 보정하기 위해 생물학적 차이까지 표준화해버리면 우리는 원하는 연구 문제에 대해 정확한 해석을 할 수 없습니다. 따라서 QIIME, Mothur과 같은 16S rRNA 시퀀싱 프로토콜 및 분석 파이프라인에서는 전통적으로 복제 수를 따로 교정하지 않고 상대적 '리드 카운트(read count)'를 기준으로 풍부도를 추정한다고 하죠. 즉, 미생물 복제 수에 있어 기술적 차이를 보정할 수 있는 기준이 애매하고, 그러한 복제 수가 생물학적 의미를 가질 수 있기에 별도로 교정하지 않는다고 볼 수 있겠습니다. 사실 미생물의 16S rRNA 시퀀싱에 대한 이야기를 꺼내게 된 것은 '복제 수의 차이'를 다루고자 함이 아니었습니다. 바로 미생물에 의한 '수평 유전자 전달'이 본 시퀀싱의 정확성을 저하시키는 문제를 어떻게 해결하느냐는 것이었습니다. 다시 말해, 미생물 A의 유전자가 미생물 B의 시퀀싱 영역인 16S rRNA V 부위로 전달되어 미생물 B를 미생물 A로 혼동하게 되는 그런 문제가 생길 수 있는 가능성을 어떻게 최소화하느냐는 것이죠.
이 또한 챗GPT에게 물어보니까 16S rRNA는 생존과 번식에 필수적인 '하우스키핑(핵심) 유전자'로 다른 기능 유전자에 비해 수평 유전자 전달(HGT)이 일어날 확률이 비교적 낮아 시퀀싱 결과에서 HGT에 의한 노이즈가 지배적이진 않다고 합니다. 앞에서도 말했듯 수평 유전자 전달은 생합성과 같은 '관리' 활동을 담당하는 작동 유전자에서 주로 나타납니다. 생각해보면 전사, 번역 등에 관여하는 세포 생존에 핵심 기능을 하는 유전자가 수평 유전자 전달로 이리저리 돌아다녀 기능 변화가 끊임없이 쉽게 이루어진다면 그 세포는 생존에 필수적인 기능을 적절하게 수행하기 어려워 오래 생존하지 못하겠죠. 시스템이 오래 생존하려면 시스템 작동에 가장 필수적인 기능이 안정적이어야 할 테니까요. 그렇지만 장내 미생물은 우리 몸의 세포 수인 약 37조개 만큼 존재하며, 그들은 '수평 유전자 전달'을 할 줄 압니다. 심지어 게놈 서열도 진핵 생물에 비해 길지 않습니다. 결국 16S rRNA 부위에 다른 미생물의 유전자가 전달되지 않았을거라 100% 확신할 수 없습니다. 이러한 수평 유전자 전달에 의한 '극단적인 혼합 서열'은 16S 시퀀싱 분석 도중 진행하는 chimeric sequence 제거(chimera detection) 과정에서 필터링해준다고 합니다.
Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch — QIIME 2 2024.10.1 documentation
Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch Chimera checking in QIIME 2 is performed on a pair of FeatureTable[Frequency] and FeatureData[Sequences] artifacts. QIIME 2 wraps the Uchime de novo and reference pipelines from vsearch.
docs.qiime2.org
지금까지 미생물의 수평 유전자 전달(HGT)과 16S rRNA 시퀀싱에 대해 다뤄보았습니다(사실 16S rRNA 시퀀싱은 책에 나오는 내용은 아니긴 하지만, 한 달 전에 봤던 KOBIC 강의 복습 겸 간단하게 정리해봤습니다5)). 16S rRNA 시퀀싱을 수행하는 이유는 우리 몸에 거주하는 미생물이 우리 몸의 기능에 영향을 미치기 때문입니다. 그 영향은 좋은 영향일 수도 있고 안 좋은 영향일 수도 있습니다. 물론 일반적인 경우엔 공생균은 우리 몸의 생존을 위한 기능을 돕습니다.
우리 몸에는 대략 인간 세포만큼이나 많은 박테리아 세포가 포함되어 있다. 그들은 소화를 돕고, 필수 비타민과 아미노산을 합성하며, 식품의 특정 유해 화학 물질을 해독하고, 병원균 감염으로부터 몸을 방어함으로써 건강한 상태를 유지하는 데 기여한다. 이는 질병의 신호를 보낼 수도 있고, 질병을 유발할 수도 있다. 1)
공생균은 숙주의 생존을 목표로 하지 않습니다. 그저 공생균의 생존 방식이 숙주에게 유리한 방향으로 작용했을 뿐입니다. 그러면서 공생균은 우리 몸에서 끊임없이 음식이 들어오고 거주지를 제공해주니 몸에 거주하고 있는 것일 뿐이죠. 그만큼 몸의 기능 이상으로 공생균이 갑자기 장 내 단일세포층인 '상피세포벽'을 공격하게 된다면 외부에서 유입된 미생물이 아님에도 '병원체'가 될 수도 있습니다. 이렇듯 일부 공생균이 규칙을 위반하고 상피세포벽을 뚫고 들어오는 일은 우리 몸에서 지금도 끊임없이 이루어지고 있다고 하는데요. 따라서 상피세포벽 아래 특화된 대식세포(식균작용), B 세포(세균을 무력화하는 IgA 항체 분비), 수지상세포(세균 표본 수집하여 후천 면역계 활성화)들이 미생물의 침입에 대비해 '고유층(lamina propria)'에 집결해있습니다4). 다음 영상을 참고하면 좋습니다.
물론 위에 영상에서 보듯 장내 공생균이 상피세포벽까지 침투하려면 미생물을 죽이는 작은 바늘인 '디펜신(defensin)', 'IgA 항체' 등 미생물을 죽이거나 손상시킬 수 있는 단백질이 가득한 '점액 층'을 통과해야 합니다. 그렇지만 장내 미생물은 워낙 많고 장내 점액층은 영양소 흡수를 위해 군데 군데 구멍이 나있기에4), 그리고 몸에 이상이 생기면 점액 층의 구멍이 생길 수 있기에, '상피세포벽'과 '고유층'이라는 또 다른 층들이 공생균의 혈관으로의 침입을 막습니다. 공생균이 이 세 가지 층으로 된 방어벽을 뚫고 혈관에 침투한다면 '패혈증(sepsis)'과 같이 끔찍한 일이 벌어질 수 있습니다. 패혈증과 장내미생물 간의 상관성에 대한 논문을 이전에 정리한 적이 있습니다.
[37일차] 오픈소스 논문 리뷰 연습 03 :: Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights
안녕하세요, 이번 글에서는 장내미생물이 패혈증에 미치는 causal effects에 대해 분석한 논문을 정리해보도록하겠습니다. Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wid
tkmstudy.tistory.com
본 책에서는 미생물 중 감염성 세균이자 독립 생활이 가능한 가장 작은 유기체인 '마이코플라스마 제니탈리움(Mycoplasma genitalium)'을 소개하고 있습니다. 이것은 1995년 게놈 서열을 밝힐 당시 서열이 분석된 가장 작은 세포 게놈이었다고 하는데요. 게놈이 작은 만큼 암호화 영역이 밀집되어 있고, 다른 박테리아 게놈과 마찬가지로 암호화 영역에 인트론이 포함되어 있지 않다고 합니다. 단백질을 발현하는 유전자도 468개 정도만 발견이 되었다고 하죠. 심지어 기능적 중복성과 기생충 특이적 유전자를 제거했을 때 필요충분한 최소한의 유전자 목록은 '256개' 정도라고 합니다. 그렇다면 마이코플라스마 제니탈리움(Mycoplasma genitalium)이 최소한으로 필요로 하는 유전체에는 어떤 기능적 클래스들이 존재할까요? 책1)에서는 다음과 같은 9가지 기능적 클래스들이 있다고 말합니다.
| 단백질 합성을 포함한 영역 |
| DNA 복제 |
| 재조합 및 복구 : DNA 복제에 관여하는 필수 단백질의 두 번째 기능 |
| 전사 장치 |
| 샤페론 유사 단백질 |
| 중간 대사 : 해당과정 |
| 뉴클레오티드, 아미노산 또는 지방산 생합성의 부재 |
| 단백질 수출(export) 기계 |
| 대사산물 수송 단백질의 제한된 레퍼토리 |
사람의 삶을 간단히 요약하면, 부모의 유전물질을 전달받아 태어나서 그 유전물질로부터 우연히 오래 살아남도록 시스템화된 '전사'와 '번역' 과정을 통해 만들어진 단백질들로 생존을 이어가다가 가장 건강한 시기에 자손에게 자신의 유전물질을 복사해 물려주고, 향후 대사과정이 제대로 이루어지지 않게 되면 생존을 멈추게 되는 프로세스라고 할 수 있겠습니다. 이렇게 보면 인간의 삶이 감염성 세균인 마이코플라스마 제니탈리움(Mycoplasma genitalium)의 삶과도 크게 다르지 않아 보입니다. 물론 사람은 수 많은 단백질들의 복잡한 상호작용을 통해 보다 복잡한 기능을 하고, 기본적인 '생존'을 위한 기능을 넘어 자신의 행복이나 신념을 추구하기 위해 예측하기 어려운 여러가지 활동들을 하죠. 쉽게 말해 간단한 미생물의 경우 이 미생물이 오늘 점심으로 무엇을 먹을진 비교적 쉽게 예측할 수 있지만, 옆집 민수가 점심을 먹기 위해 롯데마트에서 어떤 물건을 사고 나올지는 예측하긴 어렵습니다. 그만큼 간단한 미생물의 기능을 이해하는 건 옆집 민수의 기능을 이해하기보다 간단합니다.
하나의 세포로 된 미생물이 아닌 다세포의 유기체 중에서도 기능을 파악하는데 수월한 유기체가 있습니다. 바로 '예쁜꼬마선충(caenorhabditis elegans)'입니다. 책에서는 예쁜꼬마선충이 생물학 연구모델로서 적합한 이유에 대해 다음과 같이 설명합니다.
예쁜 꼬마 선충(caenorhabditis elegans)은 세포 수준에서 유전학, 발달 및 신경 회로를 완벽하게 분석할 수 있을 만큼 충분히 복잡하지만 단순한 구조를 형성하고 있어서, 연구 모델로서 잠재력이 있다. 1)
예쁜꼬마선충은 몸체가 작고 투명해 현미경 관찰 및 세포 수준의 추적 연구가 쉬운 것은 물론, 세포마다 발달 과정을 관찰하기 수월해 세포의 분화 및 발달 연구에 유리하다고 알려져 있습니다. 특히, 예쁜꼬마선충이 성체가 되었을 때 세포 수 가 암컷(자웅동체, 난자와 정자 모두 존재)의 경우 약 959개, 수컷의 경우 약 1,031개로 정확히 알려져 있고 모든 세포의 발생 계통도(cell linage)가 상세히 규명되어 있어 각 세포가 어떻게 분화되고 어떤 기능을 갖는지 추적 연구하는 것이 가능합니다. 그러면서도 책 구절에서 말하듯, 신경절과 근육 및 감각체계를 모두 갖추고 있어 노화, 학습, 기억, 행동 등 인간을 비롯한 다른 복잡한 동물의 생체 현상을 이해하는 데 활용할 수 있습니다. 즉, 예쁜 꼬마선충은 인간과 비슷한 유전자를 많이 보유하고 있기에 인체의 기능을 이해할 때 예쁜꼬마선충을 활용할 수 있습니다. 이외에도 예쁜꼬마선충은 초파리처럼 많은 수의 개체를 키우기 쉽고(한 세대가 3일) 구매비용도 저렴하다는 장점이 있습니다. 우주에도 다녀와서 '우주충'이라 불린다고 하는데 아래 영상을 참고바랍니다.
연구 모델이 간단하다고 해서 좋은 건 아닙니다. 인체 메커니즘을 연구하는 경우엔 '사람'이나 '사람과 유사한 연구모델'을 대상으로 해야지 사람과 전혀 비슷하지 않는 생명체를 대상으로 연구를 진행한다면 그 생명체에서 나타나는 메커니즘이 인간에게선 나타나지 않을 수 있으니까요. 물론 특정 메커니즘을 국소적으로 연구하는 진행하는 경우엔 사람과 비슷한 대상이 아니더라도 그 메커니즘이 이루어지는 국소적인 환경이 사람의 실제 환경과 유사하다면 특정 메커니즘을 확인하기 위해 그 대상을 연구모델로 실험을 진행할 순 있겠죠. 심지어 굳이 실험동물을 사용하지 않고 실제 사람 몸에 특정 장기의 기능이 이루어지는 것처럼 그 기능을 모사하는 오가노이드 칩(Organ-on-a-Chip)을 만들 수도 있습니다.
오가노이드칩(organ-on-a-chip, OOAC)은 농도 기울기(concentration gradients), 전단력(shear force), 세포 패터닝(cell patterning), 조직 경계(tissue-boundaries), 조직-장기 상호작용(tissue–organ) 등 실제 사람 몸에서 작용하는 주요 파라미터들을 조절할 수 있는 능력을 갖춘 실제 생리학적 장기의 환경을 모사한 생체모사 시스템(biomimetic system)입니다6). 이러한 장기모사칩은 약물 치료나 유전적 변형(genetic modification) 후에 일시적인 표현형 변화를 스크리닝하는데 사용할 수 있는데요. 그 '표현형 변화'를 확인할 때 장기모사칩의 샘플로부터 RNA를 추출해 scRNA-seq 분석을 수행할 수 있습니다7). 최근 주목받고 있는 공간 전사체 분석(spatial transcriptomics)에도 미세유체칩을 활용하는 사례8)가 있는 듯 한데 나중에 함 정독해서 읽어봐야겠습니다.
Custom microfluidic chip design enables cost-effective three-dimensional spatiotemporal transcriptomics with a wide field of vie
a, Unsupervised spatially constrained clustering (top left) and tSNE visualization (bottom left) of spots from the developing mouse of E17.5, P0 and P4 based on the gene expression. Spatial distribution of the captured UMI counts (top right) was also plott
pmc.ncbi.nlm.nih.gov
더 많은 내용, 아니 본 글과는 사뭇 다른 내용이 챕터 3에 담겨있긴 하지만 그래도 전반적으로 읽어보긴 했으니 몇 가지 부분만 초점을 두어 정리해봤습니다. 자세하고 정확한 내용은 '생물정보학 입문 제2판 1)'과 아래 참고자료를 참고하시길 바랍니다. 감사합니다!
참고자료
1) 저자 ARTHUR M. LESK. 번역 이용석,강병철,김익수 외 3명, 생물정보학 입문 제2판, 월드사이언스, 2024
2) 플라스미드, 네이버 지식백과, URL : https://terms.naver.com/entry.naver?docId=1159712&cid=40942&categoryId=32326
3) Jones CH, Tuckman M, Murphy E, Bradford PA. Identification and sequence of a tet(M) tetracycline resistance determinant homologue in clinical isolates of Escherichia coli. J Bacteriol. 2006 Oct;188(20)
4) 필리프 데트머, 강병철 옮김, 면역(IMMUNE), 2021
5) 허지원 교수, KOBIC 강의, 미생물 커뮤니티 분석 기초편, URL : https://edu.insilicogen.com/kobic/course/270
6) Wu, Q., Liu, J., Wang, X. et al. Organ-on-a-chip: recent breakthroughs and future prospects. BioMed Eng OnLine 19, 9 (2020).
7) Lee S, Kim H, Kim BS, Chae S, Jung S, Lee JS, Yu J, Son K, Chung M, Kim JK, Hwang D, Baek SH, Jeon NL. Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts. Nat Commun. 2024 Jan 3;15(1):230.
8) Zhu, J., Pang, K., Hu, B. et al. Custom microfluidic chip design enables cost-effective three-dimensional spatiotemporal transcriptomics with a wide field of view. Nat Genet 56, 2259–2270 (2024).
