전체 글 썸네일형 리스트형 [25일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 04 :: VlnPlot, BoxPlot, DotPlot, Cluster Annotiation 전 글에 이어서 이번에는 필터링하고 PCA 및 클러스터링한 PBMC 데이터를 가지고 또 다른 Plot들을 그려보도록 하겠습니다. 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활" data-og-host="tkmstudy.tistory.com" data-og-source-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-image="https://scrap.kakaocdn.net/dn/bbfyq6/hyXDkl1994/9tVso1GbjUaoB8k36RtjSK/img.png?width=800&height=639&face=0_0_800_639,https://s.. 더보기 [24일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 03 :: R 환경 Seurat의 DimPlot, FeaturePlot 이번 글에선 저번 글에 이어 BRIC scRNA-seq data 분석법 괸련 글을 토대로 KOBIC 교육영상 예제 데이터를 분석해보는 연습을 해보겠습니다. Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-og-host="www.ibric.org" data-og-source-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=view&articleNo=8882549#!/list" data-og-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=.. 더보기 [23일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 02 :: Normalization부터 UMAP까지 이번 글에서는 전 글에 이어 BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글을 따라해보도록 하겠습니다. [22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC)이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다. 이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전tkmstudy.tistory.com 앞서 pbmc 예제 데이터를 R 환경에 가져와서 필터링하였는데, 이번엔 해당 데이터에 대해 Normalization(정규화)을 해보겠습니다. pbmc 데이터 정규화 과정은 세포 간 비교가 가능하도.. 더보기 [22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC) 이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다. 이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석' 영상에서 무료로 제공한 예시 데이터를 활용하였습니다. 참고로 예시 데이터는 10X GENOMICS에 있는 '10k Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from a Healthy Donor, Single Indexed'를 100,000줄만 가져왔다고 하며, 해당 세포는 single cell로 연구가 많이 되어 있어서 toy set으로 잘 활용되고 있다고 합니다. 10k Peripheral Blood Mononuclear Cells.. 더보기 [22일차] 초보자를 위한 scRNA-seq data 분석법 글 추천, Edu labeling, Cre-loxp system 이번 글에서는 읽고 있는 논문의 배경지식을 몇 가지만 정리해보고자 합니다. 그전에 방금전에 아래 scRNA-seq data 분석법에 대해 하나하나 아주쉽게 알려주는 BRIC 글을 찾았습니다. [당신의 논문 동료] scRNA-seq data 분석법 - R 설치부터 Seurat까지 & Public scRNA-seq 분석 사이트 소개 |1. 들어가며 대학교 3학년 연구생 인턴을 하던 시절, 한창 DNA 클로닝을 배우고 있을 때 선배께서 “손을 잡고 가르쳐 주는...www.ibric.org Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-.. 더보기 [22일차] 멘델의 정원, 생물정보학 기초, Fastq QC 강의 정리 안녕하세요, 이번 글에서는 멘델의 정원 유튜브 Fastq QC 관련 영상을 정리해보고자 합니다. 참고로 최근에 KOBIC 교육 영상인 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석'을 수강완료했습니다. 이게 보는 걸로 끝나는게 아니라 직접 해보면서 무엇인지 감을 잡아야 할 것 같은데, 본 강의에서 첨부파일로 예시를 제공해주셔서 직접 따라해볼 수 있어서 좋았습니다. 그렇지만 어느정도 따라 하다보니까 제가 윈도우 환경에서 R이랑 파이썬 언어만 사용해본지라 아직 익숙치 않은 리눅스 환경이랑 커맨드라인에 친숙해져야 할 것 같다는 느낌이 들었습니다. 사실 R이랑 파이썬도 살짝 까먹은 감이 있어서 최근에 제가 예전에 올려둔 블로그 글들 다시 보며 복습했습니다. [개요] 데이터 사이언티스트를 위한 데이터.. 더보기 [21일차] KOBIC 교육강의 공부 04 :: 생물정보학의 미래 기술 이번 글에서는 KOBIC 교육강의 '생명정보학 시작하기'의 제4강을 정리해보고자 합니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이tkmstudy.tistory.com 4강의 주제는 '생물정보학 미래기술' 이었는데요, 인공지능, 자동화 및 컨테이너 시스템, 클라우드 컴퓨팅 순으로 소개해주셨습니다.1. 인공지능 (AI)인공지능(AI)은 거의 모든 분야에서 미래기술로서 적용이 되고 있지 않을까 싶습니다. 특히 현재 사회는 급속한 과학기술의 발전으로 생성할 수.. 더보기 [20일차] KOBIC 교육강의 공부 03 :: 미래 생물정보학자를 위한 기초 지식 이번 글에서는 전 글에 이어서 KOBIC '생명정보학 시작하기' 강의 3강 '미래 생물정보학자를 위한 기초 지식' 강의 내용을 정리해보겠습니다. [20일차] KOBIC 교육강의 공부 02 :: 유전체 빅데이터이번 글에서는 전 강의에 이어 들은 '생명정보학 시작하기'의 두번째 강의인 '유전체 빅데이터' 강의 내용을 정리해보겠습니다. 이번 강의도 개괄적인 소개를 하는 강의라 가볍고 재밌게 들을tkmstudy.tistory.com 1. 데이터 양식 대표적인 생물정보학 데이터의 양식으로는 FASTA, FASTQ, SAM, VCF, BED가 있다고 합니다. 1-1. FASTA 먼저, 'FASTA'는 DNA 및 단백질 서열을 나타내는 가장 일반적인 형태의 데이터 양식으로, sequence 내용 전에 ID와 des.. 더보기 이전 1 2 3 4 ··· 9 다음
