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[47일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-2 :: 인생의 전경, 16S rRNA 시퀀싱 안녕하세요, 오늘은 저번 글에 이어 '생물정보학 입문 책' 챕터 3 나머지 부분을 정리해보도록 하겠습니다. 전 글에서 말했듯 '수평적 유전자 전달'에 대한 내용부터 시작하겠습니다.   [46일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-1 :: 인생의 전경, DNA와 RNA, 그리고 단백질의 이야기안녕하세요, 이번 글에서는 '생물정보학 입문' 책의 두번째 챕터에 이어 세번째 챕터를 정리해보고자 합니다. 세번째 챕터는 이전 챕터보다 굉장히 길더군요.    [43일차] 생물정보학 입문 책tkmstudy.tistory.com  일반적으로, 수평적 유전자 전달은 복제 또는 교배 중에 부모로부터의 후손이 아닌 다른 수단을 통해서, 실험실 절차가 아닌 자연적인 방법을 통해서, 한 유기체가 다른 유기체로부터 유전물질을 .. 더보기
[46일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.03-1 :: 인생의 전경, DNA와 RNA, 그리고 단백질의 이야기 안녕하세요, 이번 글에서는 '생물정보학 입문' 책의 두번째 챕터에 이어 세번째 챕터를 정리해보고자 합니다. 세번째 챕터는 이전 챕터보다 굉장히 길더군요.    [43일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.02 :: 유전학에서 게놈까지안녕하세요, 이번 글에선 저번 챕터 1에 이어 '생물정보학 입문' 책 챕터 2를 정리해보고자 합니다.  [41일차] 생물정보학 입문 책 정리 Ch. 01 :: 서론안녕하세요 이번 글에선 최근에 공부하고 있tkmstudy.tistory.com  우리 몸은 다양한 기능을 하는 세포들의 상호작용으로 어쩌다 보니 '생존'이 가능하게 된 복잡한 시스템입니다. 그러한 몸 안에서 각 세포들은 'DNA'라는 유전 정보로부터 다양한 단백질들을 만들어내고, 그렇게 만들어진 단백질들의 활동은 조화.. 더보기
[45일차] single cell RNA sequencing 기술 프로세스 정리 02 :: 시퀀싱 데이터 전처리 및 다운스트림 분석 안녕하세요, 이번 글에서는 저번 글에 이어 단일세포 전사체 분석 기술의 프로세스를 정리해보도록 하겠습니다.   [44일차] 단일세포 전사체 분석 기술 개요 및 프로세스 정리 01 :: sequencing library 준비 및 구축, illum안녕하세요, 이번엔 단일세포 전사체 분석 기술(single cell RNA-seq analysis)의 전반적인 개요와 고려사항들을 정리해보는 시간을 가져보고자 합니다. 공부 겸 정리하는 건지라 오류가 있을 수 있다는tkmstudy.tistory.com  저번엔 데이터 분석을 위한 준비 절차였다면, 이번엔 본격적으로 데이터를 전처리하고 분석하는 절차로 보면 되겠습니다. 참고자료는 뒷부분에 적어두었으며, 딥리서치와 논문 'The Workflow for Computati.. 더보기
[44일차] 단일세포 전사체 분석 기술 개요 및 프로세스 정리 01 :: sequencing library 준비 및 구축, illumina sequencing 안녕하세요, 이번엔 단일세포 전사체 분석 기술(single cell RNA-seq analysis)의 전반적인 개요와 고려사항들을 정리해보는 시간을 가져보고자 합니다. 공부 겸 정리하는 건지라 오류가 있을 수 있다는 점 양해부탁드립니다.    우선 '단일세포 전사체 기술(scRNA-seq)'이 무엇인지 간단히 소개하겠습니다. scRNA-seq이란, 조건별(ex. disease, chemical treatment, genetic modification)로 등장하는 세포의 구성 및 기능 차이를 개별세포수준에서 파악할 수 있는 기술이라고 볼 수 있겠습니다. 본 기술을 통해 저희는 특정 질병의 중증도를 높이는데 어떤 기능(ex. 경로)을 담당하는 세포 유형(혹은 아형)이 관여하는지 예측할 수도 있고, 특정 조직.. 더보기
[43일차] 생물정보학 입문 책 정리 ch.02 :: 유전학에서 게놈까지 안녕하세요, 이번 글에선 저번 챕터 1에 이어 '생물정보학 입문' 책 챕터 2를 정리해보고자 합니다.  [41일차] 생물정보학 입문 책 정리 Ch. 01 :: 서론안녕하세요 이번 글에선 최근에 공부하고 있는 '생물정보학 입문 제 2판' 책 첫 챕터를 정리해보고자 합니다. 본 내용에는 오류가 있을 가능성이 있으며, 자세하고 정확한 내용은 본 책 1)을 참고tkmstudy.tistory.com  과학의 발전으로 우리는 우리의 형질을 결정하는 유전자가 염색체에 존재하고, 각 유전자가 DNA 서열에 해당한다는 것을 알게 되었습니다. 결국 우리가 우리와 같은 외모를 갖게 되고, 특정 질병에 취약하게 되고, 그럼에도 생존해 나갈 수 있는 건 바로 우리 몸 안에 소중하게 보관된 DNA가 우리의 형질을 결정하기 때문일.. 더보기
[42일차] 논문 리뷰 연습 04 :: PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment 안녕하세요, 이번엔 2023년 말에 전공수업에서 공부하고 리뷰 발표했던 논문을 다시 한번 정리해보려고 합니다.   논문 제목은 'PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment'로, 2020년에 개재된 논문이었습니다.   PKM2 Drives Hepatocellular Carcinoma Progression by Inducing Immunosuppressive Microenvironment - PMCAbstract Background and Aims Pyruvate kinase M2 (PKM2) is an essential regulator of the Warburg effect, .. 더보기
[41일차] 생물정보학 입문 책 정리 Ch. 01 :: 서론 안녕하세요 이번 글에선 최근에 공부하고 있는 '생물정보학 입문 제 2판' 책 첫 챕터를 정리해보고자 합니다. 본 내용에는 오류가 있을 가능성이 있으며, 자세하고 정확한 내용은 본 책 1)을 참고하시길 추천드립니다! 우선 책의 인트로 부분에 다음과 같은 인상적인 문장이 있었습니다.   유전자 발현 패턴 그리고 조절 상호작용 네트워크는 세포와 생명체가 DNA에 담긴 정보를 어떻게 구현하는지 보여준다. 생명체의 잠재력은 게놈에 포함되어 있지만, 그것으로부터 생애 전반을 추론하는 것은 불가능하다. 생명 활동 전체를 이해하기 위해서는 RNA와 단백질, 그리고 이들이 DNA와 상호작용하는 방식을 찾아야 하는데, 이러한 활동은 발달 프로그램이나 환경에 따라 달라지고 반응한다. 1)  우리 몸이 만들어가는 이야기는 단.. 더보기
[40일차] 프로그래밍 & 수학 책 정리 02 : 딥러닝을 위한 수학 이번 글에서는 저번 글에 이어 '딥러닝을 위한 수학' 책 정리를 해보겠습니다.  [39일차] 프로그래밍 & 수학 책 정리 01 : 딥러닝을 위한 수학안녕하세요, 이번엔 최근에 완독한 '딥러닝을 위한 수학' 책을 정리해보려고 합니다.   본 책은 수학책이면서 수학을 프로그래밍으로 구현하며 여러 심층학습 개념들을 소개해주는 게 좋았는tkmstudy.tistory.com  7번째 챕터에서는 심층학습에서 중요한 '미분'이라는 개념에 대해 설명합니다. 심층학습에서 미분은 신경망을 학습시킬 때 경사하강법을 이용해 신경망의 가중치들을 갱신하기 위해, 역전파 알고리즘으로 도함수를 구할 때 사용됩니다. 이때, 곡선의 점 x에서의 접선의 기울기를 x에서의 도함수(serivative)라고 하죠. 직관적으로, 도함수는 함수가.. 더보기