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[27일차] KOBIC 단백체 분석 강의 1강 :: Introduction to Proteomics 이번 글에서는 KOBIC 교육강의 중 '단백질체 분석' 1편을 정리해보도록 하겠습니다. KOBIC 강의에 대한 소개는 아래 글을 참고하시면 되겠습니다.   [19일차] 멘델의 정원 & KOBIC 교육강의 01 :: 생명정보학 시작하기 1탄이번 글에서는 우연히 알게 된 유익한 생물정보학 교육 플랫폼을 알게되어 이에 대해 소개해보고자 합니다. 오늘 어쩌다가 생물정보학 관련 유튜브 영상들을 찾아보다가 고려대 안준용 교수tkmstudy.tistory.com  본 강의는 총 8강으로 구성되어 있으며, 황대희 교수께서 강의를 해주셨습니다. 강의는 아래 KOBIC 사이트의 '단백체 분석'에 들어가셔서 보시면 되겠습니다.  차세대 생명정보 온라인 교육 | KOBIC 교육센터KOBIC 차세대 생명정보 교육은 바이오 데이.. 더보기
[26일차] 따라 실습 :: Bioconducter, SingleCellExperiment 실습 :: 패키지 설치부터 UMAP까지 안녕하세요, 이제 기말고사와 기말과제도 끝이 나 종강을 한 만큼 대학원 준비를 이어서 해보고자 합니다.  대학원 준비생의 노트 ( 24. 12 ~ ) | Notion'과학커뮤니케이터 TKM' TKM's STUDY BLOGsparkling-dibble-7ff.notion.site 그런 일환으로 대표적인 single cell RNA-seq 실습 예제인 Bioconducter의 SingleCellExperiment 실습 예제를 따라해보고자 합니다.  실습에 있어서 전에 scRNA-seq 데이터 분석을 했던 Seurat과 동일하게 R package를 활용했습니다.  [25일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 04 :: VlnPlot, BoxPlot, DotPlot, Cluster A.. 더보기
[25일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 04 :: VlnPlot, BoxPlot, DotPlot, Cluster Annotiation 전 글에 이어서 이번에는 필터링하고 PCA 및 클러스터링한 PBMC 데이터를 가지고 또 다른 Plot들을 그려보도록 하겠습니다.   동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활" data-og-host="tkmstudy.tistory.com" data-og-source-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-url="https://tkmstudy.tistory.com/326" data-og-image="https://scrap.kakaocdn.net/dn/bbfyq6/hyXDkl1994/9tVso1GbjUaoB8k36RtjSK/img.png?width=800&height=639&face=0_0_800_639,https://s.. 더보기
[24일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 03 :: R 환경 Seurat의 DimPlot, FeaturePlot 이번 글에선 저번 글에 이어 BRIC scRNA-seq data 분석법 괸련 글을 토대로 KOBIC 교육영상 예제 데이터를 분석해보는 연습을 해보겠습니다.    Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-og-host="www.ibric.org" data-og-source-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=view&articleNo=8882549#!/list" data-og-url="https://www.ibric.org/bric/trend/bio-news.do?mode=.. 더보기
[23일차] BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 02 :: Normalization부터 UMAP까지 이번 글에서는 전 글에 이어 BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글을 따라해보도록 하겠습니다.   [22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC)이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다.   이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전tkmstudy.tistory.com  앞서 pbmc 예제 데이터를 R 환경에 가져와서 필터링하였는데, 이번엔 해당 데이터에 대해 Normalization(정규화)을 해보겠습니다. pbmc   데이터 정규화 과정은 세포 간 비교가 가능하도.. 더보기
[22일차] 학부생, BRIC의 scRNA-seq data 분석법 글 따라해보기 01 :: Seurat 불러오기 & Quality Control (QC) 이번 글에서는 scRNA data를 기반으로 R 환경 Seurat 패키지를 통해 개별세포분석을 해보고자 합니다.   이를 위한 data로는 전에 수강을 완료한 KOBIC 교육센터의 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석' 영상에서 무료로 제공한 예시 데이터를 활용하였습니다.  참고로 예시 데이터는 10X GENOMICS에 있는 '10k Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from a Healthy Donor, Single Indexed'를 100,000줄만 가져왔다고 하며, 해당 세포는 single cell로 연구가 많이 되어 있어서 toy set으로 잘 활용되고 있다고 합니다.   10k Peripheral Blood Mononuclear Cells.. 더보기
[22일차] 초보자를 위한 scRNA-seq data 분석법 글 추천, Edu labeling, Cre-loxp system 이번 글에서는 읽고 있는 논문의 배경지식을 몇 가지만 정리해보고자 합니다. 그전에 방금전에 아래 scRNA-seq data 분석법에 대해 하나하나 아주쉽게 알려주는 BRIC 글을 찾았습니다.    [당신의 논문 동료] scRNA-seq data 분석법 - R 설치부터 Seurat까지 & Public scRNA-seq 분석 사이트 소개 |1. 들어가며 대학교 3학년 연구생 인턴을 하던 시절, 한창 DNA 클로닝을 배우고 있을 때 선배께서 “손을 잡고 가르쳐 주는...www.ibric.org   Bio뉴스 > 동향 | BRIC" data-og-description="1. 들어가며 R을 활용하면서 가장 많이 나오는 에러에 대해 짚고 넘어가고 합니다. 1.1. R은 대소문자를 매우 엄격히 구분..." data-.. 더보기
[22일차] 멘델의 정원, 생물정보학 기초, Fastq QC 강의 정리 안녕하세요, 이번 글에서는 멘델의 정원 유튜브 Fastq QC 관련 영상을 정리해보고자 합니다.   참고로 최근에 KOBIC 교육 영상인 '예제 데이터를 활용한 단일세포 전사체 데이터 분석'을 수강완료했습니다.  이게 보는 걸로 끝나는게 아니라 직접 해보면서 무엇인지 감을 잡아야 할 것 같은데, 본 강의에서 첨부파일로 예시를 제공해주셔서 직접 따라해볼 수 있어서 좋았습니다. 그렇지만 어느정도 따라 하다보니까 제가 윈도우 환경에서 R이랑 파이썬 언어만 사용해본지라 아직 익숙치 않은 리눅스 환경이랑 커맨드라인에 친숙해져야 할 것 같다는 느낌이 들었습니다. 사실 R이랑 파이썬도 살짝 까먹은 감이 있어서 최근에 제가 예전에 올려둔 블로그 글들 다시 보며 복습했습니다.  [개요] 데이터 사이언티스트를 위한 데이터.. 더보기

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